Комиссией Степашина ни одним словом специфика положения органов безопасности в союзных республиках не учитывалась. Вместе с тем нельзя не согласиться с бесспорными выводами комиссии о том, что в советский период длительное время органы государственной безопасности работали под непосредственным руководством ЦК КПСС. Несмотря на конституционное изменение роли Коммунистической партии, это руководство в определенной мере сохранилось, как отмечается в заключении, «благодаря расстановке на ключевых руководящих должностях КГБ бывших ответственных работников партийных органов». КГБ СССР направлял секретные материалы в адрес ЦК КПСС, секретариат которого систематически давал отдельные поручения, направлял целевые запросы, в том числе на оппозиционных политических деятелей. Все это в совокупности расценивалось как незаконное руководство аппаратом ЦК КПСС одним из ключевых государственных органов страны.
Да, история Советского Союза и руководящей Коммунистической партии действительна такова. Другой партии в стране не существовало. Советское общество со времени ВЧК привыкло к тому, что деятельность органов госбезопасности осуществлялась «под мудрым руководством и контролем ЦК КПСС». Со сталинских времен органы государственной безопасности не переставали работать под непосредственным руководством одного лица в государстве — Генерального секретаря ЦК КПСС. Влияние ведомственных отделов ЦК КПСС, аппаратов ЦК республик было незначительным, касалось больше назначения и расстановки кадров.
Специфика КГБ Украинской ССР была такова, что до отмены шестой статьи Конституции все вопросы обеспечения безопасности республики мною согласовывались только с первыми секретарями ЦК КП Украины Щербицким, Ивашко. По приезде в Киев я заметил, что существовал строго установленный порядок, когда другие секретари ЦК Компартии без разрешения не могли вмешиваться в обсуждение самых простых служебных вопросов КГБ. Соответственно, мои заместители докладывали мне о своих походах в ЦК, телефонных звонках или поручениях со стороны аппарата ЦК КПУ.
О всемогущей роли КПСС в руководстве органами КГБ наглядно свидетельствует Ельцин. В бытность первым секретарем Свердловского обкома партии в его кабинете «шла спокойная беседа» с участием заместителя председателя КГБ СССР В. Пирожкова и начальника областного управления Ю. Корнилова. Последний в разговоре обмолвился, что органы государственной безопасности области «работают дружно с обкомом партии». Ельцин вспоминает: «И вдруг Пирожков рявкнул: «Генерал Корнилов, встать!» Тот вскочил, руки по швам. Я тоже в недоумении. Пирожков, чеканя каждую фразу, произнес: «Зарубите себе на носу, генерал, во всей своей деятельности вы должны не дружно работать с партийными организациями, а вы обязаны работать под их руководством, и только». Так наставлял одного из опытных и грамотных областных руководителей заместитель председателя КГБ СССР, пришедший в органы с партийной должности секретаря крайкома. Но формально он был абсолютно прав. Не думаю, что Пирожков знал слова председателя ОГПУ Менжинского, который повторял, что «у ЧК один хозяин — партия».