В заключении комиссии С. Степашина отмечалось, что особенно опасным для государства являлось то, что Комитет госбезопасности СССР функционировал в условиях фактического отсутствия правовой базы, сколько-нибудь ограничивающей его деятельность. Принятый Верховным советом СССР в мае 1991 года закон об органах госбезопасности при сохранении прежних ведомственных положений и инструкций «оставлял широкое поле вседозволенности для прежнего руководства Комитета госбезопасности».
С приходом в КГБ Бакатина с его легкой руки начала фигурировать цифра, что в КГБ действовало свыше пяти тысяч ведомственных нормативных актов. Создавалось впечатление, что чекисты работали чуть ли не в обстановке правового безбрежья. Дело обстояло далеко не таким образом. Во время работы в секретариате КГБ СССР я имел отношение к курированию правовых вопросов. Без редактирования, согласования и соответствующего визирования в юридическом отделе и в 3-м отделе секретариата в Комитете и лично мною не выпускался в свет ни один приказ или инструкция. Перед их рассылкой в органы КГБ страны моя виза была определяющей и последней. Я хорошо владел правовой базой, знал кодификацию нормативно-правовых актов в области обеспечения государственной безопасности.
Основных ведущих приказов и инструкций оперативного назначения, в частности регулирующих работу с агентурой, применение секретных оперативно-технических средств, было не более двух-трех десятков. От оперативных работников КГБ требовалось знать и строго соблюдать их положения; велась постоянная чекистская учеба и осуществлялся контроль за знаниями оперативниками основополагающих нормативных документов. Такой порядок обеспечивался во всей стране; начинающие оперативные сотрудники не допускались к агентурно-оперативной работе без проверки знаний основных правовых актов. Руководитель украинской контрразвездки в годы моей службы Г. Федяев отмечал замкнутость оперативного состава системы госбезопасности, жившего по своим «суровым правилам». Каждый шаг оперативного работника до малейших деталей регламентировался приказами Комитета Союза. Никакой самодеятельности со стороны республиканских КГБ не допускалось. Но правда, что были действительно тысячи других правовых документов — это различные постановления правительства, министерств и ведомств, касающиеся областей ведения хозяйственной деятельности, строительства, охраны труда и т. д.
В целом же положения комиссии С. Степашина, касающиеся необходимости совершенствования правового положения органов госбезопасности, были своевременными, злободневными. В частности, Государственной комиссией рекомендовалось (что было наиболее актуально) закрепить принципы строгого подчинения спецслужб соответствующим органам высшей государственной власти, исключения возможности их использования в интересах любых политических партий, организаций или национальных вождей.