27 августа, в один из первых дней пребывания на Лубянке, Бакатин выступил с обращением к действующим сотрудникам КГБ: «Именно сейчас поддаться панике, унынию, желанию свести счеты — худшее из того, что могло быть. Никто не имеет права огульно винить всех сотрудников в случившемся, разворачивать охоту на ведьм. Ответственность — на руководстве Комитета. И совершенно недопустимо делить ее с личным составом и, как это было принято, искать стрелочника… Прошу набраться сил, мужества, способности к самообновлению, чтобы достойно выйти из тех испытаний, которые выпали на долю народов Союза». Правда же, прекрасные слова и пафосный революционный стиль обращения, которому можно позавидовать.
Бакатин утвердил выводы ведомственной комиссии, расследовавшей участие «должностных лиц КГБ СССР в событиях от 19–21 августа». Я хочу сразу же заметить (не в оправдание или обвинение Бакатина), что в составе комиссии были только кадровые сотрудники КГБ, без депутатов или демократов, и они выдвигали предложения об увольнении или наказании своих коллег. «Бакатин спас КГБ от окончательного разгрома. Кампания против госбезопасности была безобразно раздута, демократы неистовствовали. Спас и многих сотрудников Лубянки, где после ГКЧП работала специальная кадровая комиссия, собиравшаяся славно пострелять во время охоты на ведьм», — заключает Юрий Скуратов, короткое время работавший в КГБ перед переходом в Генеральную прокуратуру.
По результатам ведомственного служебного расследования из органов госбезопасности было уволено 30 руководящих работников центрального аппарата, все заместители председателя КГБ СССР, многие руководители ведущих оперативных и оперативно-технических подразделений. «Должен признаться, — отмечал Бакатин, — принимая решение по результатам расследования, я проявил известный либерализм. Комиссия предлагала уволить большее количество людей, чем я реально уволил». Мотивами увольнения указывались проявленные «политическая незрелость и недальновидность» в выполнении распоряжений вышестоящих начальников, «способствовавших деятельности путчистов».
В материалах ведомственного расследования прокомментированы прошедшие события и участие должностных лиц в ГКЧП. После объявления 19 августа об образовании ГКЧП и введении чрезвычайного положения руководством Комитета предпринимались меры, направленные на обеспечение участия органов и войск КГБ в выполнении решений ГКЧП. С использованием сил КГБ был организован контроль за деятельностью средств массовой информации, проводилось изучение реакции населения и зарубежных кругов на события в СССР. Осуществляя общее руководство проводимыми мероприятиями, Крючков в этих целях использовал приближенных к себе лиц из числа руководства Комитета.