Крючков дал указание о взятии под контроль некоторых «неблагонадежных» граждан, в том числе нескольких народных депутатов СССР (Гдляна, Иванова, Уражцева), которых явно незаконно интернировали и вывезли на территорию подмосковного военного объекта. Для меня это вообще непонятные, не поддающиеся объяснению действия. Первый заместитель председателя КГБ Ф. Грушко отдавал распоряжения по использованию возможностей Комитета для реализации замыслов по задержанию Президента РСФСР. Другой первый заместитель председателя Г. Агеев руководил мероприятиями по отключению средств связи на объекте «Заря» в Форосе. Он отдал распоряжение по направлению в Латвию, Литву и Эстонию групп оперативных сотрудников для обеспечения режима чрезвычайного положения. 15 августа Г. Агеев осуществил инструктаж по организации слухового контроля переговоров по совершенно секретной городской телефонной связи в отношении ряда руководителей СССР и РСФСР.
После провала ГКЧП по указанию председателя КГБ России В. Иваненко началась волна разбирательств деятельности руководящего состава территориальных органов КГБ в автономных республиках, краях и областях. Масштабы проводимых различными комиссиями расследований о причастности должностных лиц территориальных органов КГБ к «антиконституционному перевороту 19–21 августа» охватывали Россию от Калининграда до Владивостока.
Вот несколько примеров проверок деятельности территориальных управлений. В Кемеровское управление 19 августа поступила подписанная Крючковым шифротелеграмма о создании ГКЧП для спасения СССР. Из центрального аппарата требовали «выполнять только распоряжения председателя КГБ СССР Крючкова». В то же время КГБ РСФСР указывал на необходимость выполнения указаний только Президента России Ельцина. «Признаться, мне, руководителю территориального органа в одном из самых политизированных регионов страны, назначенному на должность всего два месяца назад, было непросто принимать решения», — вспоминал о проверке его деятельности в те дни начальник УКГБ Кемеровской области генерал-майор А. Кузнецов. Генерал-лейтенант К. Григорьев о размахе всяческих проверок во Владивостоке вспоминает, что «этим занималась краевая прокуратура, депутатская комиссия, бригада КГБ СССР и под занавес — два представителя из союзной комиссии С. Степашина, наделенной Горбачевым специальными полномочиями».
Два десятка начальников краевых, областных территориальных управлений российского КГБ подверглись незаконным обвинениям и были уволены. Начальник УКГБ по Калининградской области застрелился. Степень их ответственности была различной: от абсолютно никакой до упреков в недоведении до личного состава телеграммы руководства КГБ России. Предлогом для увольнения в большинстве случаев послужило то, что руководители в областях объявили личному составу поступившие за подписью Крючкова шифротелеграммы о поддержке ГКЧП, но не довели до сведения содержание шифротелеграммы российских КГБ и МВД, которое принципиально расходилось с позицией союзного комитета. Такие случаи комиссиями рассматривались как свидетельство поддержки ГКЧП. Каких-либо незаконных действий со стороны уволенных лиц из числа начальников местных органов допущено не было, но они совершили промашку: не заклеймили позором гэкачепистов или не сделали заявлений в поддержку Ельцина. «Борису Николаевичу приветственную телеграмму с осуждением ГКЧП прислало даже Общество слепых из Свердловска, а вы, чекисты, не могли додуматься до этого?» — высказывал упреки бывший начальник свердловской милиции А. Фролов, назначенный заместителем министра безопасности по кадрам.