К хорошо известной мне работе я приступил 28 ноября 1991 года. Мои друзья недоумевали, почему я согласился на существенное понижение в должностной служебной иерархии. В секретариате меня встретили как своего, родного, и у я испытывал такое чувство, что вернулся в знакомый дружный коллектив, который вроде бы и не покидал.
Советскому Союзу оставалось существовать около месяца. Комиссия по уничтожению КГБ СССР завершала свою работу. Следует еще раз заметить, что ни одна государственная структура в стране после ГКЧП не подвергалась такому разгрому. Бакатин пришел в КГБ даже с такой идеей: будущие российские спецслужбы не обязательно должны строиться по военизированному принципу, он сам отказался от повышения в воинском звании. Бакатин утверждал, что милитаризация спецслужб неизбежно ведет к жесткой иерархии, погоне за звездами, насаждению духа казармы. Во многих странах мира спецслужбы строятся на гражданской служебной основе. А когда в руководстве спецслужбы и даже во главе департаментов стоят генералы армии — это уже явный перебор.
Перед Бакатиным были поставлены сложные задачи реформирования органов госбезопасности. Выбор возможных вариантов для этого был широк: от полной ликвидации КГБ, увольнения всех кадров, как это было сделано в некоторых европейских странах, где прошла процедура люстрации, до коренного дробления системы. Бакатин пошел по пути, как он признавался, «варианта реформ, а не разрушения». Он хотел сделать так, «чтобы КГБ не представлял угрозы для общества, не допуская при этом развала системы государственной безопасности».
На базе Комитета, который, по выражению Бакатина, по сравнению с МВД выглядел «карликом», создавались несколько разрозненных, слабо координируемых, часто конкурирующих между собой самостоятельных служб: Межреспубликанская служба безопасности (В. Бакатин), Центральная служба разведки (Е. Примаков), Комитет правительственной связи (А. Старовойтов), Комитет по охране государственной границы (Я. Калиниченко). Финансирование этих ведомств осуществлялось за счет союзного бюджета. Реформаторы мотивировали необходимость подобных преобразований интересами недопущения такого положения, при котором органы госбезопасности могли бы становиться в будущем инструментом антиконституционных действий или организатором государственных заговоров.
Руководители создаваемых структур в ведомственных спорах делили интеллектуальный и оперативно-технический потенциал прежнего КГБ СССР, здания и кабинеты, вспомогательные службы научного, материально-технического, медицинского обеспечения. Каждый из них стремился шумно тянуть одеяло на себя. Между прочим, тогда мало кого волновали разбитые судьбы или перспективы дальнейшей службы оперативных сотрудников, которые были втянуты в жестокий круговорот в связи с действиями ГКЧП, последовавшими проверками новыми демократическими властителями их политической (вернее личной) благонадежности по отношению к новым властям.