Все перестроечные, реформистские идеи крутились в Москве, возможности Бакатина как руководителя КГБ СССР в рамках еще живого Союза оказывать хотя бы какое-нибудь позитивное влияние на создавшуюся обстановку и положение вокруг сотрудников органов госбезопасности в союзных республиках были ограниченными или вообще отсутствовали. «Неужели кто-то мог надеяться, что Кравчук потерпит у себя в Киеве подчиненный центру КГБ Украины?» — рассуждал Бакатин.
Образование новых разрозненных спецслужб происходило в обстановке утраты нашей страной статуса великой державы, усиливающегося экономического паралича и криминализации общества, увеличения межнациональных столкновений на территории союзных республик. Слабые спецслужбы грозили обернуться катастрофой для демократической России: назревала необходимость существенного усиления борьбы с нарастающим внутренним и международным терроризмом, местническим сепаратизмом, попытками раздробления страны на удельные автономные владения.
Окунувшись с первых же дней в проекты разрабатываемых правовых документов, в знакомую работу по регуляции потоков политической и оперативной информации, я с некоторым опасением наблюдал за происходящим в стенах КГБ и за его пределами. Все больше убеждался в правильности принятых решений при образовании СНБУ, когда формирование украинской спецслужбы проходило, хотя и нелегко, но без междоусобных ведомственных споров и катаклизмов.
В последовавшем после ГКЧП развале КГБ в адрес Бакатина было брошено достаточно серьезных обвинений. Некоторые из них заслуженные, но в те времена не все было так однозначно. Редкие сотрудники спецслужб представляли себе, а тем более владели подлинной картиной того, как в действительности развивались взаимоотношения КГБ СССР с реформируемыми в самостоятельные подразделения АФБ, ФАПСИ, Пограничными войсками. Многим руководителям отпочковавшихся структур согревало душу стремление к самостоятельности, повышению статуса в государственной иерархии своего ведомства, пусть и кустарного.
Три технических управления КГБ СССР: правительственная связь, службы шифрования и радиоэлектронной разведки — образовали Комитет правительственной связи (позднее ФАПСИ). Его шеф А. Старовойтов быстро приспособил создаваемое ведомство и своих приближенных к рыночным условиям, создавал коммерческие структуры, сдавал в аренду банкирам и другим богачам каналы засекреченной правительственной связи. Дошло до такого состояния, что он присвоил звание полковника известному авантюристу, скандальному адвокату Д. Якубовскому. Неспроста в этой системе вскоре последовали аресты ряда ответственных сотрудников за финансовые злоупотребления. Бакатин отмечал, что ему «не очень понравилось» стремление руководства ФАПСИ раздуть структуру и выбить побольше генеральских должностей. Там, где в КГБ было три управления, стало шестнадцать, а количество генералов «неимоверно возросло».