Под руководством Бакатина велась интенсивная работа по формированию Межреспубликанской службы безопасности СССР, которая в организационном и координирующем плане должна была заменить союзный КГБ СССР. Предпринималась последняя попытка на развалинах державы сохранить централизованную систему государственной безопасности. Разрабатывались единые подходы к организации работы органов безопасности, в том числе союзных республик, как тогда провозглашалось, с целью «наиболее эффективного использования создаваемой службы в интересах СССР и всех суверенных республик».
МСБ — детище творчества Бакатина, в которое он вложил имевшийся опыт прежних преобразований в системе МВД.
Межреспубликанская служба безопасности планировала взять на себя осуществление главных задач: контрразведывательной работы по предотвращению и пресечению деятельности спецслужб иностранных государств и зарубежных организаций, наносящих ущерб безопасности Союза и республик, контрразведки в вооруженных силах страны, борьбы с международной организованной преступностью, терроризмом, контрабандой, наркобизнесом. МСБ намечала сохранить за собой научно-исследовательские институты и производственные мощности по разработке, изготовлению специальных технических средств, а также учебные заведения для подготовки молодых сотрудников и повышения квалификации кадров спецслужб всех суверенных республик.
МСБ становилась подчиненной непосредственно Президенту СССР, а контроль за ее деятельностью возлагался на Государственный совет СССР. Штатный состав сотрудников предполагался в количестве около 45 000 человек.
Главное в компетенции МСБ — это выработка общих принципов деятельности органов безопасности республик и координация их действий в целях наиболее эффективного использования имеющихся оперативных возможностей в интересах безопасности Союза и союзных республик. Бакатин стоял на точке зрения необходимости объединения усилий всех союзных республик в борьбе со спецслужбами иностранных государств и подчеркивал, что в новых реальностях «ослабления активности спецслужб других государств на территории Советского Союза не было замечено. Более того, она даже возросла и все чаще проявлялась в деликатных предложениях нашим соотечественникам об оказании им помощи при каких-либо финансовых затруднениях». Выражаясь проще, речь шла о покупке нужных спецслужбам бывших советских граждан, корыстных мотивах их сотрудничества с западными разведорганами. Уже тогда у некоторых министров и чиновников появились валютные счета в зарубежных банках, а их жены и родственники устраивались на работу в иностранных фирмах.