Бакатину приходилось нелегко, он волновался, его настроение часто менялось, он переходил от одного психологического состояния к другому, был излишне категоричен и скоропалителен в принимаемых решениях и собственных суждениях.
От разваливающихся, реформируемых и перестраивающихся структур разведки и контрразведки он требовал высокой профессиональной отдачи. Сам же справедливо подчеркивал, что создать новую спецслужбу «одним приказом наивно и невозможно», ссылаясь на собственный опыт образования МВД России, когда для этого ему в свое время понадобился почти год. Особое недовольство Бакатин высказывал деятельностью разведывательных служб, делал публичные заявления о том, что из Первого главного управления продолжает поступать «информационный мусор, который зачастую имел не большую ценность, чем вырезки из газет». По его непререкаемым оценкам, разведке «не хватало четкого выбора политических приоритетов, нравственных ориентиров, понимания того, для кого и во имя чего она работает». Он считал, что «для спасения разведки» ее надлежит выделить из состава ведущих подразделений КГБ и преобразовать в независимую спецслужбу. Руководство разведки во главе с Л. Шебаршиным вторило этому, придерживалось подобных позиций и в ответ имело смелость заявлять, что самостоятельность разведывательной службы позволит избавиться «от неприятного кагэбэшного хвоста» и поможет в дальнейшем «спасти саму разведку от некомпетентных, залихватских и недоброжелательных действий Бакатина».
С мая 1991 года самостоятельный российский КГБ, несмотря на усилия его председателя В. Иваненко, оставался практически не сформированным и не укомплектованным личным составом. Теперь он начал преобразовываться в Агентство федеральной безопасности (АФБ) России. Как и в период Крючкова, это снова повлекло множество разногласий с центральным аппаратом КГБ СССР в распределении решаемых оперативных задач, полномочий в руководстве территориальными органами, требованиях передачи в ведение республиканской спецслужбы всех московских контрразведывательных подразделений и, наконец, в столкновении личных взглядов и амбиций руководящего состава обоих ведомств. Бакатин и Иваненко были вынуждены выступить с совместным заявлением и заверить общественное мнение в том, что между образуемыми структурами госбезопасности «нет неурядиц и непримиримых противоречий». «Конечно, формирование АФБ и реформирование МСБ — процесс сложный, не исключающий возможности возникновения известных разногласий по частным вопросам… Полагаем, что информация о соперничестве МСБ и АФБ России имеет целью посеять семена раздора между этими двумя организациями и наносит вред общему делу обеспечения безопасности России и других суверенных государств», — успокаивали общество Бакатин и Иваненко.