Бакатин защищался, как умел. В 1990 году при обсуждении вопроса о разрешении демонстрации демократических сил в Москве на заседании Президентского совета возникла дискуссия. Лукьянов высказал общее мнение — демонстрации не запрещать. Горбачеву это не понравилось. Бакатин заявил, что мирные демонстрации запрещать не можем: нет юридического права. «Тут Крючков резко, что не вязалось с его мягким обликом, потребовал наконец показать силу». Бакатин согласился: «Вот и покажите. Кто хочет запрещать, пусть свой запрет сам и реализует. Милиция этим заниматься не будет». Генеральный прокурор СССР Сухарев придерживался подобной позиции, на Политбюро заявил, что всю ответственность за сложившееся общее безвластие в стране нельзя переносить только на правоохранительные органы. Оба, Бакатин и Сухарев, вскоре были освобождены от занимаемых постов, но внутренняя обстановка после их ухода лучше не стала.
24 декабря 1991 года Бакатин покинул председательский кабинет. «Мне не нравилось работать на Лубянке», — скажет он. Но черная миссия могильщика, порученная Горбачевым и демократическим окружением по разрушению мощной системы обеспечения безопасности страны, увязывается все же с его личностью — последнего председателя в истории КГБ СССР. Бакатин вручил мне ключи и цифровые коды от председательского сейфа. Каких-либо актов о передаче документов, в том числе секретных пакетов на особый военный период, которые традиционно хранились в сейфе первого лица, не составлялось.
Я хочу сказать отдельно о некоторых делах Бакатина, которые мало кому известны. В последние дни до ухода из органов он решил несколько важных вопросов. В частности, Бакатин договорился с Ельциным о выделении двухсот миллионов рублей для выплаты зарплаты сотрудникам Межреспубликанской службы СССР. Союзного правительства уже не существовало, финансирование МСБ полностью зависело от российского республиканского бюджета. Когда не стало Союза, МСБ оказалась ничейной, и невыплата зарплаты сотрудникам оборачивалась значительным оттоком кадров, буквально крахом для сотрудников в условиях развивающейся инфляции и дороговизны.
Исключительно острой стояла проблема политического и материального выживания сотрудников КГБ, работавших в республиках Прибалтики. После развала СССР пришедшие к власти националистические правительства ликвидировали органы госбезопасности, отказывали в трудоустройстве и выплате пенсий сотрудникам КГБ, организовывали гонения на ветеранов, бывших участников Великой Отечественной войны, борьбы с бандитским антисоветским подпольем («лесными братьями»). Особенно радикальной выглядела позиция литовских властей (6 сентября 1991 года независимость Литвы была признана Государственным советом СССР), где вводился прямой запрет принимать на работу сотрудников госбезопасности. КГБ Литовской ССР объявлялся «преступной организацией», кадровым советским сотрудникам запрещалось работать в течение десяти лет в госучреждениях, правоохранительных органах, банках, адвокатами и нотариусами. От них требовали зарегистрироваться в Департаменте госбезопасности Литвы (его возглавлял судимый за антисоветскую деятельность Гаяускас), раскрыть тайны по прежней работе, прежде всего о связях с бывшими агентами. По вопросам трудного материального положения литовских сотрудников в Москву чаще всего приезжал Багдонас, бывший начальник Каунасского горотдела КГБ. Я с ним был хорошо знаком, мы встречались, обсуждали возможные меры, как облегчить дальнейшую судьбу сотрудников в те тревожные дни. Была подготовлена специальная записка с предложением о выплате пенсий сотрудникам КГБ Литвы, Латвии и Эстонии из российского бюджета. Когда материалы были доложены Бакатину, он обратился по этому поводу непосредственно к Ельцину. С одобрения Президента России сотрудники КГБ Литовской, Латвийской и Эстонской ССР были взяты на постоянное пенсионное обеспечение. Мне представляется, что такое разрешение проблемы с пенсиями для сотрудников КГБ в республиках Прибалтики — благородный государственный поступок со стороны Ельцина и Бакатина в отношении патриотов, устанавливавших и защищавших власть трудового народа в Прибалтике.