Находясь в обойме руководящей номенклатуры ЦК партии, Бакатин назначается министром внутренних дел СССР. Солидная и крутая карьера для строителя, но Горбачеву в этой правоохранительной системе нужен был свой человек, преданный ему политик из близкого партийного окружения, а не профессионал, борец с уголовной преступностью. Будучи министром, Бакатин отстаивал приоритет союзных республик в руководстве органами внутренних дел на своей территории. В этой связи передал многие союзные полномочия и значительные права местным органам МВД. Вследствие этого решения, например, азербайджанская милиция не выполнила задач во время армянских погромов, бездействовала. Министерство внутренних дел разваливалось по национальным (были факты и на Украине), идеологическим признакам, но Москва до поры до времени на это не реагировала. Целостность системы МВД разрушали Верховные советы союзных республик, реально препятствующие использованию личного состава МВД за пределами национальных республик.
Чебриков делился со мной тем, что Бакатин не прислушался к его советам при напутствии министром внутренних дел страны: не спешить делать выводы, не форсировать реорганизацию системы МВД; она огромная, громоздкая, необходимо время, чтобы ее поднять.
Я наблюдал скандальное выступление Бакатина на Съезде народных депутатов СССР. Страна смотрела по телевизору, словно шоу, как детально министр внутренних дел рассказывал народным депутатам детективную историю о покушении на Ельцина (на него якобы напали «и в завязанном мешке сбросили» с высоты более десяти метров с моста в Москву-реку). Слухи оказались не соответствующими действительности, не
заслуживали внимания депутатов и вынесения на обсуждение Съездом народных депутатов СССР. Горбачев не упустил возможности организовать политический шантаж в отношении своего врага Ельцина, представляя сплетни как событие первой величины. В ответ Ельцин сделал резкое заявление: министр Бакатин не имел ни профессионального, ни морального права, смешивая ложь с правдой, распространять слухи, порочащие в глазах общественности личное достоинство народного депутата СССР.
Предстоящему увольнению с поста министра внутренних дел, вспоминает Бакатин, предшествовало характерное для того времени политическое событие, отражающее начавшуюся борьбу консервативных и либеральных кругов в высших эшелонах советской власти. В конце 1990 года при обсуждении складывающейся в стране обстановки на одном из заседаний Политбюро ЦК КПСС выступили Крючков, Бакатин и генеральный прокурор СССР Сухарев. Отмечалась нарастающая в стране волна межнациональных конфликтов, забастовочного движения, политической митинговой демократии. На вопрос «что делать?» председатель КГБ СССР Крючков внес предложение ввести в стране президентское правление. «КГБ был не в состоянии что-либо предпринять», — отмечал министр внутренних дел Бакатин. Гласность и плюрализм сделали спецслужбы бессильными в борьбе с теми, кто выступал против КПСС и советской власти. Методы открытых репрессий уже не годились. Бакатин выступил категорически против применения в стране чрезвычайных мер. На него сразу же посыпались обвинения: переметнулся к демократам, деполитизирует милицию, потакает сепаратистам, демонтирует централизованную структуру МВД страны в угоду союзным республикам. Бакатин в ответ: «Мне страшно за партию с такими членами Политбюро». Коммунистическая партия взяла курс на демократизацию — это чья политика? Не Бакатин ли ее придумал?