Его предшественник Бакатин ушел со сцены, когда органы государственной безопасности были разрушены, деятельность оперативного состава и, соответственно, агентурного аппарата оказалась на значительный период, по существу, парализованной. Баранникову с трудом приходилось противостоять намерениям демократических реформаторов осуществить подобное уничтожение системы МВД. В те послеавгустовские дни в воздухе носились идеи расчленения также и союзного Министерства внутренних дел, образования федеральной и муниципальной милиции, вывода из подчинения МВД внутренних войск, противопожарной службы и т. д.
Как показали дальнейшие события, нам всем, милиционерам и чекистам, в значительной степени повезло, что проблемами государственной безопасности и общественного правопорядка стал заниматься внимательный и инициативный профессионал Баранников, который сумел предотвратить в этих сферах многие разрушительные трансформации.
Виктору Павловичу предстояла важная миссия: реализовать очередную «загогулину» (из лексикона Ельцина) — преобразовать силовые ведомства страны в объединение органов государственной безопасности и внутренних дел. О новых начинаниях Президента, грядущем упразднении Межреспубликанской службы безопасности, которая после ухода Бакатина оставалась бесхозной, мне стало известно от самого Баранникова. В конце декабря 1991 года неожиданно для меня позвонил Баранников, с которым я раньше не был знаком. Прошел всего месяц после отъезда из Украины, как я возглавлял административный аппарат руководителя МСБ, с МВД контактов практически не имел. Баранников пригласил к себе в министерство, где в течение нескольких часов мы обсуждали проблемы дальнейшей судьбы силовых ведомств России.
Общественно-политическая обстановка вокруг правоохранительных органов в стране была крайне противоречивой, напряженной и непредсказуемой. В связи с распадом СССР и суверенизацией союзных республик сами собой исчезали союзно-республиканские ведомства: КГБ, МВД, МСБ. Из-за отсутствия у российских властей последовательной и проработанной стратегии в строительстве системы государственной безопасности и правопорядка, проведенного искусственного расчленения КГБ новые структуры не справлялись с обязанностями по надлежащей защите территориальной целостности, интересов общества в условиях нарастающего разгула терроризма, организованной международной и межрегиональной уголовной преступности. Руководство органов госбезопасности было обезглавлено: часть в тюрьме, другие уволены. На продолживших службу сотрудников КГБ в связи с последствиями ГКЧП продолжались нападки, обвинения и гонения со стороны реформаторских и псевдодемократических кругов, а в бывших союзных республиках — со стороны пришедших к власти местных национал-патриотов.