Ельциным было высказано несколько принципиальных положений в отношении национальной политики. К этим вопросам я продолжал оставаться особо чувствительным. Перед органами госбезопасности поставлена задача сохранения единства более 130 национальностей. Когда продолжает действовать синдром распада Советского Союза и происходят межнациональные, межэтнические противоречия и распри, Ельцин требовал уделять внимание каждому народу, каждой автономной республике. Региональная национальная политика должна вестись деликатно и умело. При этом органам МБ надлежит действовать аккуратно, чтобы не оскорбить национальные, религиозные чувства народов, а главное — не допустить вооруженного противостояния на этой основе. В применяемых методах предупреждения правонарушений, которые всегда были присущи органам государственной безопасности, необходимо находить нестандартные, несиловые решения.
В вопросах информирования Президента и высших органов власти позиция Ельцина сводилась к тому, что кризисная ситуация в стране требует «сверхнормативного» совершенствования информационных задач, своевременного реагирования на происходящие процессы. Министерство подвергалось серьезной критике в связи с тем, что в период осетино-ингушского конфликта не было должной упреждающей информации. МБ «серьезно опоздало в предупреждении». Надо браться за усиленную аналитическую работу, видеть развитие негативных ситуаций в общегосударственном плане, но при этом своевременно «приземляться». Передача информации — «минута, а не дни, но не в ущерб качеству» — таковы требования Президента страны. Министерству были даны установки на усиление обеспечения экономической безопасности государства в самом «широком плане». Ельцин отмечал, что без подключения МБ к борьбе с экономической преступностью нам в стране с нею не справиться, нужны «дерзкие прорывы».
В области контрразведки, подчеркнул Президент, активность зарубежных спецслужб, как ни странно, нарастает. Особенно отчетливо это заметно при анализе подрывных планов зарубежных спецслужб против России. В 1991 году президент США Д. Буш на церемонии вступления в должность директора ЦРУ Р. Гейтса (потом — министр обороны) ставил задачи американскому разведывательному сообществу: «США должны иметь сильную разведку. Нам нельзя допустить ошибку и потерять бдительность, даже невзирая на распад Варшавского договора и советской империи. Следует уже в ближайшее время существенно расширить агентурную деятельность». Концепция президента США Клинтона — «партнерство во имя мира» — предусматривала расширение НАТО, включение в этот военно-политический блок освободившихся из-под «ига советского господства» европейских стран, ранее входивших в Варшавский договор. В интересах НАТО западные спецслужбы начали проработку вопросов об использовании оставшегося военно-экономического потенциала Советского Союза (военных баз) на территории бывших союзных республик. В 1992 году установленные нами разведчики стран НАТО для изучения состояния боеготовности вооруженных сил и ядерного потенциала осуществили более 1100 разведывательных поездок по России, активировали агентурные подходы к гражданам страны. Обстановка в стране рассматривалась ими как исключительно благоприятная для агентурных операций. Иностранные разведки в качестве источников информации стали интересоваться депутатами, лидерами политических партий, общественных движений и должностных лиц ведущих министерств. Под благовидными предлогами им организовывались поездки за рубеж, оплачивалось их участие в различных международных форумах. Широко использовались «инициативники», предлагающие шпионские услуги из корыстных побуждений, зачастую за гроши. Спецслужбы Запада активизировали акции по недопущению возрождения сильного российского государства, поощряли местнические процессы суверенизации и сепаратизма, призывая к децентрализации и расчленению территории России. Поэтому Ельцин отмечал, что в стиле работы Министерства безопасности важны контрразведывательные программы, система профессиональной работы с нашей стороны, но все это не должно быть поводом для нагнетания истерии и подозрительности.