Последствия не заставили себя ждать. Продолжалось недоверие Президента к Министерству безопасности, завершившееся его скорой ликвидацией. Он потребовал убрать из министерства близких Баранникову людей, которые пришли с ним на руководящие должности из МВД.
12 сентября 1993 года Ельцин пригласил меня на свою загородную государственную дачу. Был теплый осенний выходной день; я обдумывал, к чему надо быть готовым, так как цель посещения президентской резиденции предварительно не обговаривалась. Встреча с Президентом в неформальной обстановке для меня была первой (кстати, в такой домашней атмосфере и единственной), к тому же я оставался в положении исполняющего обязанности министра безопасности. Когда я приехал на дачу, там уже были министры: обороны — Павел Грачев, внутренних дел — Виктор Ерин, иностранных дел — Андрей Козырев, отсутствовал премьер-министр Виктор
Черномырдин (находился в США). По инициативе Ельцина началось обсуждение сложившейся политической обстановки в стране. Для присутствующих министров, представляющих стратегическое руководство страны, тревоги были очевидными: не прекращалась, а ужесточалась непримиримая конфронтация президентской и парламентской ветвей власти. Противостояние между Кремлем и Белым домом достигало критической точки кипения. Вокруг этих баталий разгорались политические страсти на территории всей страны, к тому же охваченной массовыми народными выступлениями, демонстрациями протеста из-за безработицы, нищеты и продолжающимися шахтерскими забастовками.
Возрастали масштабы внутренних и внешних угроз безопасности России. Надо прямо признать, что они граничили с опасностью потери управляемости и новым распадом государства. Сказывались негативные последствия вооруженного конфликта между еще недавно братскими, соседними республиками Северной Осетией и Ингушетией, набирал силу разнузданный сепаратизм в Чечне. Серьезные процессы превращения в вотчины с конституционным обособлением происходили во многих автономных республиках — Татарстане, Башкирии, Якутии. В ряде регионов страны отмечались попытки создания незаконных вооруженных формирований и бандитского подполья. Увеличивалось число провокаций со стороны оппозиционных политических партий и движений, выливавшихся в акции группового гражданского неповиновения.
Действия сотрудников Министерства безопасности по сдерживанию радикальных экстремистских элементов воспринимались как нарушение демократических завоеваний, к которым так долго стремились. Все это преподносилось как возобновление «политического сыска» и преследование лиц по идеологическим мотивам. В наш адрес бросали обвинения, дескать, в Министерстве безопасности продолжают линию КГБ по поиску внутренних врагов. Отдельные новоявленные демократы договорились до того, что после ликвидации СССР у самостоятельной России отсутствует реальный противник в лице империалистических государств, например военно-политического блока НАТО. Утверждалось, что угрозы безопасности стране могут исходить только от стран ближнего зарубежья, наших бывших союзных республик, их нестабильности в беспокойном приграничном окружении.