Будущий король Филипп II рос угрюмым, замкнутым. Как и его отец, Филипп II прагматически смотрел на брак, часто повторяя слова Карла V: «Королевские браки заключаются не для семейного счастья, а для продолжения династии». Увы, первый сын Филиппа II от брака с Марией Португальской — дон Карлос — оказался физически и психически неполноценным.
Чисто политическим расчетом был продиктован второй брак двадцатисемилетнего Филиппа II с сорокатрехлетней английской королевой, католичкой Марией Тюдор. Король надеялся объединить усилия двух католических держав в борьбе против Реформации, но через четыре года Мария Тюдор умерла, не оставив наследника, а притязания Филиппа II на руку Елизаветы I, английской королевы-протестантки, были отвергнуты.
Оставив старые резиденции испанских королей Толедо и Вальядолид, Филипп II устроил свою столицу в маленьком городке Мадриде на пустынном и бесплодном кастильском плоскогорье. А в 1563 году неподалеку от Мадрида начали строить Эскорил — грандиозный монастырь, являвшийся одновременно и дворцом-усыпальницей. Едва получив престол, король сразу же принял суровые меры против морисков и маранов, многие из которых продолжали втайне исповедовать веру своих отцов. На них обрушилась инквизиция, принуждая отказаться от прежних обычаев и языка. В этом вопросе Филипп II и Великий инквизитор дон Фернандо Вальдес не имели никаких разногласий.
При вступлении на престол Филипп II был самым могущественным государем в Европе. Многочисленный флот сделал Испанию первой морской державой, а сухопутные войска создавали перевес и на материке. Король неуклонно преследовал две главные цели: сохранение католической религии во всех своих владениях, уничтожение старых прав и привилегий областей и безоговорочное подчинение их своей неограниченной власти. Но многочисленные войны и строительство Эскориала, несмотря на большие доходы от заморских владений Испании, сильно истощали казну. И Филипп II постоянно искал возможность пополнить ее, нередко пускаясь в авантюры, что было совсем несвойственно его характеру.
В Севилье король оказался случайно. Он не любил путешествовать, как и его отец. Всегда скрытный и молчаливый, Филипп II руководил своим обширным государством при помощи королевских указов и наставлений; он повсюду рассылал эти бумаги и требовал от своих агентов из провинций подробных донесений. Поэтому посещение королем Севильи оказалось для Великого инквизитора большой удачей, так как в противном случае дону Вальдесу пришлось бы трястись до Мадрида в карете по горам, а такие поездки в его преклонном возрасте — весьма неприятное и утомительное занятие.