В полдень 15 мая 1591 г. царевич Дмитрий погиб в своей резиденции в Угличе. Гибель наследника престола поставила правителя в затруднительное положение. Слухи о покушениях на жизнь Дмитрия давно носились по Москве.
Годунов проявил обычную для него осторожность и предусмотрительность. Для розыска о причинах гибели царевича он согласился составить следственную комиссию, включавшую авторитетных членов Боярской думы. В Углич были посланы лица, придерживавшиеся абсолютно разной политической ориентации.
Руководить расследованием поручили боярину Василию Шуйскому, едва ли не самому умному и изворотливому противнику Годунова, незадолго до этого вернувшемуся из ссылки. Но в помощники ему был назначен окольничий Андрей Клешнин, известный своей преданностью Борису. В то же время Клешнин доводился зятем Григорию Нагому, жившему при особе царицы Марии в Угличе.
Вся практическая организация следствия была возложена на главу Поместного приказа думного дьяка Елизария Вылузгина и его подьячих.
По прошествии времени следователь Василий Шуйский не раз менял свои показания относительно событий в Угличе, но комиссия в целом своих выводов не пересматривала.
Согласно выводу комиссии, царевич нечаянно нанес себе рану, которая оказалась смертельной. «Обыск» (следственное дело) Шуйского сохранился до наших дней. Но вид неловко разрезанных и склеенных листов невольно вызывает подозрение.
Следует ли рассматривать сохранившиеся угличские материалы как оригинал, или это беловая копия? По мнению А.А. Зимина, основная часть материалов следственного дела дошла до нас в виде беловой копии.
Если это копия, а оригиналы допросов не сохранились, то легко заподозрить, что черновики подверглись при копировании фальсификации.
Палеографическое исследование рукописи выявило примерно шесть или даже восемь основных почерков писцов. Следственная комиссия очень спешила. Главных свидетелей допрашивала боярская комиссия, в распоряжении которой были лучшие писцы. Параллельно другие писцы протоколировали показания полутора сотен второстепенных свидетелей. Отмеченное обстоятельство объясняет наличие многих почерков в документе. При составлении беловика такого множества писцов попросту не потребовалось бы. Достаточно было бы двух-трех человек.
Следователи не только записывали допросные речи, но и заставляли свидетелей ставить свои подписи на обороте листа. В тексте обыска имеется по крайней мере 20 подписей угличан. Все подписи строго индивидуализированы и отражают разную степень грамотности писавших. Бисерный почерк Андрея Нагова нисколько не похож на почерк полуграмотных дворцовых служителей или же на изысканные подписи двух угличских игуменов.