Комиссия провела огромную работу в течение примерно десяти дней, и ей некогда было изготовлять черновики, потом копировать их на беловики, меняя содержание в нужном духе, повторно отбирать подписи у свидетелей.
Следственные материалы свидетельствовали о непричастности Бориса к смерти царевича. Именно поэтому историки отказывались верить в их истинность. Гибель Дмитрия была актом большого политического значения. Вопрос «кому выгодно?» служит проверкой любого крупного события. Непоколебимая уверенность в том, что устранение последнего отпрыска московской династии было выгодно одному Борису, начисто обесценивала угличский «обыск». Есть основания утверждать, что угличское дело стало жертвой ретроспективной оценки событий.
К моменту смерти царевича не исчезла полностью возможность рождения законного наследника в семье Федора. Никто не мог точно предсказать, кому достанется трон. Из ближних родственников царя наибольшими шансами обладал не Годунов, а Романовы.
Ситуация, сложившаяся в Москве к моменту трагедии, носила критический для правительства характер. Над страной нависла непосредственная угроза вторжения шведских войск и татар. Власти готовились к борьбе не только с внешними, но и с внутренними врагами. За одну-две недели до смерти Дмитрия они разместили на улицах столицы усиленные военные наряды и осуществили другие полицейские меры на случай народных волнений. Достаточно было малейшего толчка, чтобы народ поднялся на восстание, которое для Годунова могло кончиться катастрофой.
В такой обстановке гибель Дмитрия явилась для Бориса событием нежелательным и, более того, крайне опасным. Факты опровергают привычное представление, будто устранение младшего сына Грозного было для Годунова политической необходимостью. Вместе с тем рушится предвзятая оценка угличского «обыска».
Следственные материалы сохранили по крайней мере две версии гибели Дмитрия.
Версия насильственной смерти всплыла в первый же день дознания. Ее выдвинули дядья царицы Нагие. Но среди них не было полного согласия.
Андрей Нагой сидел с царицей за столом, когда произошло несчастье. Он живо описал, как «закричали на дворе, что царевича не стало». Нагая сбежала «сверху», и он, Андрей, «прибежал туто ж к царице», а «царевич лежит у кормилицы на руках мертв, а сказывают, что его зарезали, а он того не видел, хто его зарезал».
Безо всякой паузы Андрей рассказал далее о припадках «черной болезни» у царевича и о том, что тот играл перед смертью ножом. Тем самым он косвенно подтвердил версию о нечаянной смерти Дмитрия. Показания Андрея принадлежали к числу самых важных: он видел мертвого царевича одним из первых и «был у царевичева тела безотступно и тело он царевича внес в церковь».