Всё это время авиагруппа «Камикава-мару» продолжала действовать в районе Соломоновых островов. 15 апреля 1943 г. 11-я дивизия авианосцев была расформирована, а авиагруппы гидроавианосцев, действовавшие с Шортленда и Рекаты, были сведены в 938-ю авиагруппу флота. С ростом американского превосходства в воздухе японской гидроавиации всё чаще приходилось переходить на действия ночью, вроде бомбёжек аэродрома Хендерсон-Филд, весь март лишавших спокойного сна американских солдат вокруг аэродрома. Разумеется, такие результаты выглядят весьма бледно по сравнению с успехами начального периода войны, но и противник у японских лётчиков был совсем другой как количественно, так и качественно. Так, несмотря на все меры маскировки, американцы смогли найти японский гидроаэродром Попоранг возле стоянки Шортленд, атаковать его 29 марта и безнаказанно сжечь несколько стоявших у берега F1M2.
Сам «Камикава-мару» после расформирования 11-й дивизии был подчинён непосредственно Флоту Юго-Восточного района. 14 мая 1943 г. он вышел из Йокосука на Трук вместе с транспортами «Хакодзаки-мару» и «Тонэй-мару». Прибыв на Трук 23 мая, корабль выгрузил там самолёты, авиабомбы и другое военное снаряжение, после чего утром 26 мая покинул атолл и под эскортом морских охотников №12 и №37 отправился в Рабаул. 28 мая, около 10:00, к северу от Кавиенга маленький конвой был атакован одиночным бомбардировщиком В-24 «Либерейтор», но «налётчика» смогли отогнать.
Однако самая большая опасность для гидроавианосца была ещё впереди. Невзирая на сильный шквал, американская подводная лодка «Скамп» (SS277) смогла успешно выйти в атаку на «Камикава-мару» и в 12:03 поразить его тремя торпедами в правый борт. Первая торпеда попала в трюм №1, вторая — в машинное отделение, третья — в трюм №4. Гидроавианосец лишился хода и стал сильно оседать кормой. После неудачных попыток буксировки был отдан приказ оставить корабль. Но «Камикава-мару» упорно не желал тонуть, и в 00:16 29 мая «Скамп» снова атаковала его. Попадание одной, выпущенной почти в упор, торпеды в трюм №2 с левого борта оказалось смертельным — уже в 00:21 гидроавианосец пошёл на дно, заваливаясь на левый борт. Вместе с кораблём, затонувшим неподалёку от острова Эмирау в 255 милях к северо-северо-западу от Кавиенга (0Г00' ю.ш., 150"18' в.д.), погибли 39 членов экипажа (в том числе командир капитан 1 ранга Хара Сэйтаро) и 3 гражданских служащих армии. Американской подлодке удалось уйти безнаказанно, несмотря на контратаки охотников.
Гидроавианосец был исключён из списков флота приказом по внутренней службе N21455 от 18 июля 1943 г.