Арест Хомейни вызвал массовые выступления в крупнейших городах Ирана. Пробыв в тюремном заключении 2 месяца, Хомейни был выпущен под надзор полиции. В сентябре 1964 г. в результате усиления американского влияния в Иране и расширения деятельности американских военных советников правительство приняло закон об экстерриториальности американских граждан. Реакция Хомейни не заставила себя долго ждать. 25 октября, в день рождения шаха, он осудил эти действия правительства. Последовал еще один арест и, наконец, высылка в Турцию. В январе 1965 г. богослов обосновался в Неджефе, где пробыл вплоть до 1978 г. Именно в Ираке религиозно-политические воззрения Хомейни получили окончательное оформление.
В 1970 г. вышла книга аятоллы Хомейни «Велаят-е факих» («Правление мусульманского богослова-законоведа»). В ее основу были положены лекции, которые были прочитаны им в январе-феврале того же года в Неджефе. Эта работа едва ли не сразу стала манифестом для многочисленных сторонников имама в Иране и за его пределами. Хомейни провозглашал необходимость установления подлинно исламского государства, во главе которого встанет факих – законовед-теолог, превосходящий всех по знанию мусульманского права и чувству справедливости. По мнению Хомейни, этот человек, являющийся лучшим представителем уммы, должен осуществлять власть над правоверными в период сокрытия 12-го имама. Однако возникновению такой формы правления мешает негативное влияние Запада, поработившего мусульманские народы.
Хомейни считал, что нормы ислама как совершенной религии способны регламентировать все аспекты жизни отдельного человека и общества в целом. Сфера политики, разумеется, исключением не являлась. Более того, имам полагал, что борьба за торжество исламского государства есть обязанность мусульманина, первичная по отношению к молитве, посту и хаджу. Деятельность исламского правительства должна быть основана на шариате, блестящее знание которого отличает представителей правящей элиты. Весьма вероятно, что на формирование политических взглядов Хомейни повлияла философия древнегреческого мыслителя Платона. Его труд «Государство» выдвигал идею «философа на троне», окруженного сословием преданных ему воинов. Процесс принятия всех значимых для страны решений соответственно ограничивался узким кругом данного сословия и оказывался недоступным для широких масс.
Концепция теократического государства, управляемого богословами-законоведами, наталкивалась на ряд серьезных трудностей. Во-первых, несмотря на богатый опыт участия шиитского духовенства в политической деятельности, большая часть его представителей выступала против институциализации духовной иерархии в качестве основы государственного строя. Во-вторых, в Иране были весьма популярны демократические идеи, возникшие под влиянием Запада, и Хомейни не мог с этим не считаться. По этим причинам взгляды Хомейни на практические механизмы демократических процессов были весьма неустойчивыми и часто менялись в зависимости от текущей конъюнктуры. Энергия народа, принимавшего участие в антимонархической революции, была направлена против деспотических порядков шахского режима, и люди в основной массе не хотели снова лишиться возможности тем или иным образом влиять на судьбу государства.