Два Н6К2, переделанные в 1939 г в транспортные самолеты, использовались для перевозки высших офицеров, либо использовались на дальних маршрутах авиакомпании «Авиалинии Великой Японии». В 1940 г, когда производство разведчика уже не испытывало проблем, Каваниси начала небольшими сериями выпускать транспортный вариант под обозначением «транспортная летающая лодка, морской тип 97» (H6K2-L), правда, несмотря на такое обозначение, в основе она имела Н6К4. С лодки снималось вооружение, в фюзеляже оборудовались почтовый и грузовые отсеки перед кабиной пилотов, камбуз за кабиной и далее отсек на восемь пассажиров (или четыре койки), отсек на десять пассажиров, туалет и грузовой отсек. С двигателями «Кинсей»-43 было выпущено 16 H6K2-L и 12 с двигателями «Кинсей»-46. Последние сохранили, правда, без вооружения верхнюю башню. Еще две транспортные H6K4-L были переделаны из Н6К4. Дюжина транспортных лодок «тип 97» поступила во флот, где они использовались в качестве штабных самолетов, а 18 машин попали в авиакомпанию. Они использовались на маршрутах Йокогама-Сайпан-Палау-Тимор, Сайгон-Бангкок и Сайпан-Трук-Понапе-Джалют. Несколько машин разбилось, но некоторые служили до конца войны.
Несмотря на то, что эта летающая лодка оказалась мало известной за пределами Японии, она была во многих аспектах выдающимся самолетом. Она была так популярна среди экипажей, что те даже противились перевооружению на более современную «тип 2», из-за худшей управляемости последней.
Тактико-технические характеристики Н6К5 (Н6К2).
Тип: девятиместная разведывательная летающая лодка.
Двигатели: четыре Мицубиси «Кинсей»-51 или -52 («Кинсей»-43) -14-цилиндровые, воздушного охлаждения, взлетной мощностью 1300 (1000) л.с. и 1200 (990) л.с. на высоте 3000 (2800) м.
Вооружение: четыре 7,7-мм пулемета «тип 92» в носовой и верхней башнях и двух боковых блистерах, одна 20-мм пушка «тип 99 модель 1» в хвостовой башне (три 7,7-мм пулемета на передней ту реле, верхней и задней башнях); две 800-кг торпеды или до 1000 кг бомб.
Максимальная скорость: 380 (325) км/ч на высоте 6000 (2100) м.
Крейсерская скорость: 255 (235) км/ч на высоте 4000 (1000) м.
Время подъема на высоту: 5000 м - 13,45 (14) минут.
Потолок: 9560 ( 7600) м.
Дальность полета: нормальная - 4870 (4000) км; максимальная -6670 км.
Вес: пустой - 12380 (10340) кг; взлетный - 17500 (16000) кг; максимальный - 23000 кг.
Размеры: размах крыла - 40 м; длина - 25,625 м; высота - 6,27 м; площадь крыла -170 м>2.