В январе 1918 года были созданы Рабоче‑крестьянская Красная армия и Рабоче‑крестьянский Красный флот, боевые действия которых потребовали усиления разведки. В связи с этим при штабе Народных комиссаров по военным и морским делам было сформировано разведывательное отделение.
В начале марта 1918 года при Народном комиссариате по военным делам (Наркомвоен) был сформирован Оперативный отдел (Оперод). В его состав, кроме других подразделений и служб, входили 2‑е (разведывательное) и особое разведывательное отделения. Особое разведывательное отделение занималось в основном вопросами, связанными с организацией разведывательно‑диверсионной работы в тылу противника и подготовкой кадров для этой цели. При особом разведывательном отделении находилась специальная школа подрывников, где обучались разведчики и партизаны. Фактически эта школа была первым разведывательным органом по подготовке кадров специальной разведки.
К середине мая 1918 года управление Красной армией осуществлялось Высшим военным советом, Оперативным отделом Наркомвоена и Всероссийским главным штабом. Каждое из этих учреждений имело в своем составе орган военной разведки. Разведка не была объединена единым руководством.
В соответствии с общим мнением руководителей разведывательных органов Наркомвоен в конце июня 1918 года создал «Комиссию по организации разведывательного и контрразведывательного дела», куда входили представители разведывательных и контрразведывательных органов Всероссийского главного штаба, Высшего военного совета и Оперода Наркомвоена. К ее работе были привлечены представители ВЧК, штабов Московского и Ярославского военных округов, а также штаба Северного участка «завесы».
2 августа 1918 года комиссия Наркомвоена утвердила «Общее положение по разведывательной и контрразведывательной службе» и штаты разведывательных отделений.
Осенью 1918 года в ходе реорганизации высшего военного управления был образован Революционный военный совет Республики (РВСР) и его Полевой штаб. 5 ноября 1918 года в составе Полевого штаба было создано Регистрационное управление как центральный орган военной разведки Республики. Этот день принято считать днем основания российской военной разведки.
В ходе Гражданской войны в составе Красной армии были сформированы армейские и фронтовые объединения, которые успешно вели боевые действия против контрреволюционных сил и интервентов.
Опыт Гражданской войны свидетельствует о том, что специальная разведка Вооруженных сил республики относилась и была составной частью агентурной разведки. В разное время ее называли: «диверсионная разведка», «активная разведка» или просто «активка», «особая разведка» и «специальная разведка».