В 1788 г. «Мстислав» участвовал в бою при Гогланде, и юный Крузенштерн проявил много мужества при своем первом боевом крещении. Затем «Мстислав» крейсеровал с другими кораблями перед Карлсхроной, тщетно стараясь вызвать на новый бой скрывшийся в этой укрепленной гавани шведский флот.
В следующем, 1789 г., эскадра, к которой принадлежал «Мстислав», вышла ранней весной в море на соединение с русским флотом, зашедшим по пути из Архангельска в Копенгаген. Шведский флот попытался воспрепятствовать этому соединению, но потерпел жестокое поражение у острова Эленд. В этом бою пал смертью героя капитан Муловский и отличился своим мужеством молодой Крузенштерн.
В том же году Крузенштерн участвовал в боях при Ревеле, Красной Горке и Выборгской бухте. В последнем сражении «Мстиславу» удалось принудить к сдаче 74-пушечный неприятельский корабль «София-Магдалена». Крузенштерн вновь отличился при этом своею отвагой и умелою распорядительностью.
За активное участие в сражении Крузенштерн был произведен в лейтенанты. По окончании войны Крузенштерн, не покидая моря, продолжал свое образование. В 1792 г. он был послан в числе двенадцати лучших молодых офицеров флота в Англию для усовершенствования в военно-морском деле.
Англия тогда воевала с Францией. Крузенштерн на британских кораблях участвовал в нескольких сражениях. Находясь почти шесть лет непрерывно в плавании, он посетил Африку, Америку, Вест- и Ост-Индию и другие страны. Во время пребывания в Индии Крузенштерн несколько месяцев плавал в Бенгальском заливе, исследовал ост-индские воды, чтобы открыть русской торговле пути в Индию, и собрал много сведений об этом районе. Затем он проехал в Кантон, оттуда в Англию и вернулся на родину. Во время своих продолжительных путешествий Крузенштерн неутомимо изучал быт и экономическую жизнь посещаемых им стран. В это время у него зародилась мысль о необходимости организации первых кругосветных плаваний. Из записок Крузенштерна видно, как основательно он готовился к своему кругосветному путешествию. Он изучил решительно всю литературу на русском и иностранных языках, относящуюся к маршрутам предполагаемого плавания. Труды всех его предшественников — путешественников и мореплавателей — были известны ему во всех деталях, специальное внимание уделил он истории открытия и исследования всех посещенных им впоследствии мало известных пунктов. Это дало Крузенштерну возможность значительно дополнить и в нужных случаях исправить существовавшие до его плаваний географические карты и литературу.