По возвращении в Россию он представил в морское министерство проект кругосветного плавания. Проект этот поднимал два вопроса большого государственного значения. Русский флот должен догнать флоты иностранные в искусстве дальних плаваний; далее, Россия должна развить колониальную торговлю и снабжать всеми необходимыми товарами свои восточные окраины. Для этого Крузенштерн предлагал организовать регулярное сообщение на русских судах между Россией и ее американскими колониями. Но в морском ведомстве царили косность и бюрократизм, и проект был отклонен. Неудача глубоко огорчила Крузенштерна, однако условия времени заставили вскоре пересмотреть вопрос.
По инициативе Российско-американской компании, министр коммерции граф Н. П. Румянцев[6] предложил Александру I отправить морским путем посольство для установления отношений с Японией и послать с ним научную экспедицию для исследования огромного дальневосточного побережья. Предложение Румянцева поддержал известный государственный деятель, адмирал Н. С. Мордвинов, вспомнивший о проекте Крузенштерна.
7 августа 1802 г. последовало назначение Крузенштерна начальником кругосветной экспедиции на двух кораблях. Однако подходящих для этой экспедиции судов в России не оказалось, и капитан-лейтенант Ю. Ф. Лисянский был послан за границу для приобретения нужных кораблей. Он купил в Лондоне за 22 000 фунтов стерлингов[7] два судна, названные «Надежда» и «Нева». 5 июня 1803 г. корабли прибыли в Кронштадт. Командование «Надеждой» принял Крузенштерн, «Невой» — Ю. Ф. Лисянский.
Юрий Федорович Лисянский родился 2 августа 1773 г. в гор. Нежине Черниговской губ. На тринадцатом году он был зачислен в гардемарины морского корпуса. В 1788 г., во время войны со Швецией, он был в крейсерстве у Гельсингфорса и на фрегате «Подражислав» был в Гогландском сражении. Произведенный в мичманы в 1789 г., Лисянский участвовал во всех главных битвах со шведами до окончания кампании 1790 г. В 1793 г., будучи лейтенантом, Лисянский посылается в числе 16 лучших молодых офицеров волонтером в английский флот для усовершенствования в военном деле. Он сделал несколько дальних плаваний, в том числе к берегам Северной Америки, к мысу Доброй Надежды, в Ост-Индию. Лисянский принимал участие во многих сражениях с французами и в 1796 г. при взятии фрегата «Елизавета» был контужен в голову. Прослужив в британском флоте пять лет, он возвратился в 1798 г. в Россию.
Для предстоящего плавания в Англии были приобретены новейшие приборы и снабжение: шесть морских хронометров, полный набор астрономических и физических инструментов для наблюдений, много лекарств и противоцынготных средств.