После того как корабли расстались в тумане, они уже не встретились до Кронштадта, куда «Нева», более быстроходное судно, избравшее к тому же более короткий путь, пришла раньше.
«Нева» приблизилась к берегам Южной Африки 21 апреля. Берега виднелись неясными голубоватыми очертаниями, терявшимися в облаках и в тумане. Ветер был почти попутный, и корабль шел со скоростью 16,5 км в час. Оконечности Южной Африки принимали все более ясную форму. Исполинские скалы, почти совсем черные, как зубцы старинной крепости, ограждали берега. Здесь вечный прибой, почти вечные бури.
Когда уже совсем близко подошли к мысу Доброй Надежды, потянул противный ветер, и сильное волнение препятствовало обойти мыс. Столовую гору и другие возвышенности моряки увидели сквозь прозрачный голубой туман, но ветер с севера отогнал корабль далеко на юг. Наконец, 24 апреля «Нева» благополучно обогнула мыс Доброй Надежды, этот древний «Мыс бурь», и вошла в Атлантический океан. Здесь она вскоре встретила пассатный ветер и пошла на север.
Лисянский колебался, итти ли ему прямым путем в Европу или зайти на остров Св. Елены и встретиться с «Надеждой». Чтобы решить это, надо было прежде всего определить имевшиеся на корабле запасы съестных припасов. Он осмотрел все погреба и помещения с провизией; по подсчету, запасов провизии должно было хватить на три месяца плавания. В течение этого времени «Нева» могла достигнуть Европы. Он решил поэтому итти прямо в Англию, несмотря на то, что Крузенштерн назначил ему на всякий случай местом встречи порт Джемстоун на острове Св. Елены.
В своем описании плавания «Невы» Лисянский говорит:
«Я решился оставить прежнее свое намерение итти к острову Св. Елены, а направил путь свой прямо в Англию, быв уверен, что столь отважное предприятие доставит нам большую честь; ибо еще ни один мореплаватель, подобный нам, не отваживался на столь дальний путь, не заходя куда-либо для отдохновения… Я единственно сожалел об одном, что такое наше путешествие должно разлучить нас с кораблем «Надеждою» до самого прибытия нашего в Россию; но что делать? Имев случай доказать свету, что мы заслуживаем в полной мере ту доверенность, каковую отечество нам оказало, нельзя было не пожертвовать сим удовольствием».
11 мая утром при легком юго-западном ветре и чудной погоде пересекли в четвертый раз экватор. Ночью был сильнейший ливень и шквалы. Море кипело и от часто сверкавших молний казалось огненным. Благодаря ливню набрали тридцать бочек дождевой воды. Она очень кстати пополнила сильно сократившиеся запасы пресной воды.