Фактически утренняя и обеденная аудиенции Балашова завершились безрезультатно, что демонстрировало окончательность и бесповоротность решения Наполеона по поводу конфликта. После уведомления о встрече Александр I решил не публиковать торжественного манифеста и лишь отдал приказ по войскам, объявляющий о вторжении Наполеона и начале войны. Тем временем армия Наполеона стремительно приближалась собственно к Вильне, где находился русский император.
Переправа первой группы солдат армии Наполеона численностью 220 000 человек заняла 4 дня (под Ковно реку форсировали 1-й, 2-й, 3-й пехотные корпуса, гвардия и кавалерия). Первым боевым столкновением с русской армией была атака конницей Мюрата ее арьергарда 25 июня возле селения Барбаришки. Подобные стычки имели место при Румшишках и Попарцах.
Вторая группировка (около 67 000 солдат под командованием вице-короля Италии Евгения Богарне) перешла Неман южнее Ковно (около Прены) 17–18 (29–30) июня. В этот же период еще южнее, около Гродно, реку пересекли 4 корпуса (до 80 000 солдат) под общим командованием короля Вестфалии Жерома Бонапарта.
На северном направлении, возле Тильзита, Неман пересек 10-й корпус маршала Жака Макдональда, нацеленный на Петербург; на южном направлении (со стороны Варшавы через Буг) двигался отдельный Австрийский корпус генерала Карла Шварценберга (больше 30 000 солдат).
Город Вильно был занят Наполеоном 16 июня 1812 г. Об общем положении французских войск и проблемах, с которыми им пришлось столкнуться уже на первом этапе войны, можно судить из следующих воспоминаний военного медика Франсуа Мерсье: «Вплоть до самой Вильны, куда я направился вслед за французским императором, мне ни разу не пришлось приниматься за выполнение своих профессиональных обязанностей. Но почти тотчас же по прибытии в этот город я получил приказание устроить госпитали для многочисленных больных, беспрерывно поступавших по мере прибытия туда различных отрядов армии. Развитие болезней являлось прямым последствием переутомления солдат и недостатка в пище. Уже тогда французские войска начинали чувствовать стеснения в самом необходимом, так как обозы, конечно, не могли поспевать за быстрыми передвижениями регулярного войска, а страна, опустошенная уже русской армией, была совершенно не в состоянии дать пропитание и следовавшим по их пятам французам. Еще более губительное влияние на здоровье солдат оказывала быстрая смена температуры. В течение последних дней июня почти не прекращались обильные, но холодные дожди, наступившие вслед за удушливой жарой. Проезжие дороги и вообще-то плохо содержатся в России; после же периода дождей они оказались окончательно размытыми, а сообщение по ним почти совершенно немыслимым. На одном пути от Ковно до Вильны у французской армии оказалось до тридцати тысяч отсталых, большинство которых по прибытии в г. Вильну тотчас же было размещено по госпиталям».