При разделении НКВД в феврале 1941 г. стал наркомом государственной безопасности Украинской ССР, а после прошедшего в июле 1941 г. объединения возглавил Экономическое управление НКВД СССР. В сентябре — ноябре 1941 г. одновременно был и нач. 7-го спецотдела (обеспечение производства минометного вооружения).
С апреля 1943 г. по декабрь 1945 г. — заместитель начальника Главного управления контрразведки «СМЕРШ», одновременно в 1944–1945 гг. заместитель командующего 1-м Украинским фронтом по делам гражданской администрации. В марте 1945 г. направлен в Польшу, где в ранге советника при Министерстве общественной администрации Временного правительства Польши, руководил созданием органов госбезопасности Польши. С августа 1945 г. по март 1953 г. — заместитель начальника 1-го Главного управления при Совете Министров СССР Б.В. Ванникова по режиму секретности (управление занималось строительством предприятий для создания ядерного оружия), обеспечивал секретность работ, охрану объектов и формирование кадров. В 1946–1953 гг. стал организатором создания закрытых зон, городов и посёлков с особым режимом проживающих на этих территориях работников атомной промышленности и привлеченных специалистов из других ведомств. Другим направлением его работы стало руководство пожарной охраной объектов — все объекты и службы строились и укомплектовывались оборудованием и эксплуатационным персоналом.
С марта 1953 г. — министр внутренних дел Украинской ССР. Награжден: орденом Ленина, двумя орденами Красного Знамени, двумя орденами Кутузова 1 степени, орденом Красной Звезды, орденом Знак Почета, орденом Трудового Красного Знамени, 6 медалями, знаком «Заслуженный работник НКВД, Сталинской премией 2 степени. Лишен всех наград в соответствии с приговором суда.
В «СМЕРШ» е люди были разные, характеры разные. Не обошлось и без стяжательства. Некоторые при этом совершенно теряли чувство меры. Гроссмейстером в этом деле был бывший начальник Управления контрразведки Карельского фронта генерал-майор Сиднев Алексей Матвеевич. Прошедший войну, опытный контрразведчик генерал-майор Сиднев Алексей Матвеевич оказался в неблаговидной истории.[48]
Из протокола допроса арестованного Сиднева Алексея Матвеевича от 6 февраля 1948 года
Вопрос: Какой период времени вы работали в Герма-нии?
Ответ: С 1945 по 1947 год я работал начальником оперативного сектора МВД города Берлина. В ноябре 1947 года я получил новое назначение и из Германии уехал в Ка-зань.
Вопрос: После вашего отъезда из Берлина были вскрыты крупные хищения ценных вещей и золота, в которых вы принимали непосредственное участие. Показывайте об этом.