Из собора все разъехались по домам; царевич ушел в свою новую арестантскую, а царь к себе в кабинет за усиленную работу с неутомимым помощником, ловким графом Петром Андреевичем. Теперь им предстояло много труда: надобно разогнать гонцов для захвата всех действительных и предполагаемых участников побега, составить обстоятельные вопросные пункты для царевича и окончательно редактировать манифест об отречении от наследства сына. Последняя работа требовала в особенности большого внимания — надобно было соблюсти законность и умело выставить всенародно злодейские поступки сына, которому все симпатизировали и на которого все смотрели, как на законного единственного наследника. И действительно, составленный и в тот же день обнародованный манифест рельефно и красноречиво выставляет все непотребства Алексея Петровича, доказывает его недостоинство, нравственную испорченность и полную неспособность к самодержавию.
«И хотя он, сын наш, за такие свои противные, от давних лет против нас, яко отца и государя своего, поступки, особливо же за сие на весь свет приключение нам бесчестия чрез побег свой и клеветы, на нас рассеянные, от нас, яко злоречивый отца своего и сопротивляяйся государю своему, достоин был лишения живота, однако ж мы, отеческим сердцем о нем соболезнуя, в том преступлении его прощаем и от всякого наказания освобождаем. Однако ж в рассуждении его недостоинства и всех непотребных обхождений не можем по совести своей его наследником по нас престола Российского оставить, ведая, что он, по своим непорядочным поступкам, всю полученную по Божией милости и нашими неусыпными трудами славу народа нашего и пользу государственную утратит, которую с таким трудом мы получили, и не токмо отторгнутся от государства нашего от неприятелей провинции каки присовокупили, но и вновь многие знатные городы и земли к оному получили, тако ж и народ свой во многих воинских и гражданских науках к пользе государственной и славе обучили, то всем известно.
А тако мы, сожалея о государстве своем и верных подданных, дабы от такого властителя наипаче прежнего в худое состояние не были приведены, властию отеческою, по которой, по правам государства нашего, и каждый подданный наш сына своего наследства лишит и другому сыну, которому хочет оное определить, волен, и яко самодержавый государь, для пользы государственной, лишаем его, сына своего Алексея, за те вины и преступления, наследства по нас престола нашего всероссийского, хотя бы ни единой персоны нашей фамилии по нас не осталось. И определяем и объявляем по нас помянутого престола наследником другого сына нашего Петра».