Но царя не могло удовлетворить одно сознание в преступной связи, он подозревал везде злые умыслы и искал заговоров. Под влиянием подозрения он лично допрашивал Глебова по составленным им допросным пунктам о том: по какой причине и с каким намерением сняла государыня-инокиня черническое платье, советовал ли ей кто и не обнадеживал ли кто в чем? Были ли от нее к сыну к кому другому письма или пересылки и об чем были те письма? И знала ли мать о побеге сына и через кого получила она это известие?
На эти вопросы Степан Богданович ничего не сказал, а в допросных показаниях лаконически отмечено: «Запирается».
Затем на вопрос царя: что означает выражение в одном из писем государыни, чтобы «ты ее бегству помогал через кого ты знаешь», Степан. Богданович отвечал, что царица велела ему помогать через Аксинью Арсеньеву, а в чем помогать, этого он не знает.
Остальные пункты относились к вопросам, с кем списывался он найденною цифирною азбукою, к кому писано найденное циферное письмо и кто то письмо советовал писать?
На эти вопросы Степан Богданович отвечал, что азбуку составил сам, выписывал ее из книг и ни с кем не переписывался, и в найденном письме говорится частью о жене, об отце, который оставил брата, и об сыне, частью же выписки из книг, но во всяком случае нисколько не относящихся к возмущению.
Степана Богдановича подняли на дыбу в долгой и мучительной пытке. Из желания выслужиться и выказать в полном блеске свое искусство перед царем, заплечный мастер с намерением удлинял страдания: он встряхивал медленно, с расстановкою, отчего лопались связки и вывороченные кости производили более острую боль; точно так же, с рассчитанным искусством он проводил по изрезанным и обнаженным мускулам горячим утюгом или раскаленными углями. На первой пытке Степану Богдановичу дано было двадцать пять ударов кнутом, но таких жестоких, что при первых же ударах кровь брызнула ключом. Но и этим не кончилась пытка: изрезанного и окровавленного, его привязали на трое суток к столбу, на доске с голыми ногами на деревянных гвоздях.
Нестерпимы были страдания, но, несмотря на всю боль, Степан Богданович, как будто понимая, что его стоны будут скорее приятны оскорбленному мужу, во все время не издал ни одного крика, ни одного вопля о пощаде. Ослабевшего и едва живого, его сняли с виски и подвели к новому допросу… но и теперь он повторил только то же, что говорил и по пунктам.
Покончив с пыткой мужа, привели к допросу его жену, на откровенное признание которой во всем можно было вполне рассчитывать. Однако слабая и болезненная Татьяна Васильевна в трудном испытании показала себя, античной героиней. Несмотря на угрозы и на вид страшных пыточных снарядов, она с спокойной твердостью защищала и оправдывала мужа, высказывая, что у государыни-инокини бывала она сама с мужем и одна, что муж ее ни с кем не важивался и что вообще ничего не замечала и ничего не знает.