К 4 мая 1908 года подводные лодки прибыли к новому месту базирования. Здесь уже подготовили мастерские, 100-тонный плавкран, разъездные катера и водолазный бот. Началась сборка подводных лодок и к 1 августа все они были полностью готовы, «моторы опробованы на зарядку, механизмы готовы к погружению». Подводные лодки тип «Карп» включили в состав Отряда Подводного Плавания Чёрного моря, созданного согласно приказу по Морскому ведомству №-273 от 8 декабря 1907 года. В его состав также входили подводные лодки «Лосось» и «Судак», ранее перевезённые с Балтики. Планировалось доставить сюда и однотипную подводную лодку «Белуга», но её отправка не состоялась. Базировались подводные лодки в Южной бухте Севастополя, а личный состав размещался на барже №-93, которую вскоре сменил бывший линкор «Двенадцать Апостолов». В качестве плавучей базы Отряда Подводного Плавания использовался транспорт «Пендераклия». Все подводные лодки активно выходили в море, выполняя погружения и торпедные стрельбы. Практические плавания проводились у берегов Крыма, совершались походы в Ялту и Балаклаву.
В море подводники обучались управлению подводными лодками и работе с механизмами на подводном ходу. Ходили вдоль южного и западного побережий Крыма, заходили в Каркинитский залив. Несмотря на то, что Черное море оставалось свободным ото льда всю зиму, по сложившейся традиции осенью корабли прекращали кампанию и переходили в вооруженный резерв, начиная зимний ремонт. Было так и в этот раз, только подводные лодки продолжали плавание: подводникам требовалось быть готовыми к участию в весенних маневрах флота.
В результате упорного труда уже весной черноморские подводники подготовились к совместным действиям с эскадрой. В феврале 1909 года, подводные лодки «Карп» и «Камбала», после упорных тренировок, достигли минимального времени погружения из крейсерского положения в подводное – пять минут.
С первых дней создания Отряда Подводного Плавания Черного моря подводники принимали активное участие в маневрах Черноморского флота, отрабатывая учебные атаки на корабли. Также выяснялись возможности по обнаружению подводных лодок, находящихся под водой, велись опыты с радиосвязью. Гидроакустик Р.Г.Ниренберг совместно с Балтийским заводом приступил под Севастополем к испытаниям станции для беспроволочного телеграфирования через воду.
Катастрофа подводной лодки «Камбала»
Во второй половине мая 1909 года эскадра, включавшая линкоры «Ростислав», «Пантелеймон», «Три Святителя» и крейсер «Память Меркурия», проводила маневры на рейде реки Бельбек. Подводники использовали эту возможность для отработки атак на корабли. 20 мая 1909 года подводная лодка «Карп» атаковала крейсер «Память Меркурия». Учебная торпеда поразила корабль, но от удара о его борт потеряла герметичность и утонула. Водолазы искали её, но так и не нашли. Убытки (4500 рублей) списали за счёт казны. Боевая подготовка продолжалась, и Заведующий Отрядом Подводного Плавания капитан 2 ранга Н.М.Белкин впервые поставил вопрос о возможности ночных атак на корабли. Это произошло на совещании подводников 23 мая и вызвало большие споры. Тогда Н.М.Белкин (сын участника Синопского сражения и 349-дневной обороны Севастополя контр-адмирала М.Ф.Белкина) решил лично участвовать в осуществлении первой атаки и включил её в недельное расписание Отряда. Согласно этому расписанию дежурная подводная лодка должна была в ночное время атаковать корабли эскадры при их возвращении в Севастополь.