Наказ Комиссии составлен был Екатериною под влиянием положений современной европейской науки; преимущественно Екатерина пользовалась знаменитыми сочинениями Беккариа «О преступлениях и наказаниях» и Монтескье «Дух законов». В Наказе говорится об общих обязанностях человека как гражданина и о том, что лучшие законы для государства суть те, которые соответствуют его естественному положению и сообразны с нравами народа. Из естественного положения Российского государства выведено, что для него всякое правление, кроме монархического самодержавного, не только было бы вредно, но и вконец разорительно.
«Равенство всех граждан состоит в том, чтобы все подчинены были одинаким законам; вольность есть право делать все то, что законы дозволяют. Весьма худая та политика, которая переделывает то законами, что надлежит переменять обычаями; есть способы, перемену обычаев вводящие: к сему служат примеры (так, во второй половине XVIII века отвергнут способ действия, господствовавший в начале века; Петр законом вводил перемену обычаев). Послабление состоит в ненаказании преступления, а не в умеренности наказания. Последуем природе, давшей человеку стыд вместо бича, и пускай самая большая часть наказания будет бесчестие, в претерпении наказания заключающееся. И если где сыщется такая область, в которой бы стыд не был следствием казни, то сему причиною мучительское владение, которое налагало те же наказания на людей беззаконных и добродетельных. А ежели другая найдется страна, где люди инако не воздерживаются от пороков, как только суровыми казнями, опять ведайте, что сие проистекает от насильства правления, которое установило сии казни за малые погрешности. Часто законодавец, хотящий уврачевать зло, не мыслит более ни о чем, как о сем уврачевании, не смотрит на худые отсюда следствия: порок в общенародии остается, от жестокости наказания произрастший; умы народа испортились, они приобыкли к насильству. Все наказания, которыми тело человеческое изуродовать можно, должно отменить. Употребление пытки противно здравому естественному рассуждению. Пытка есть надежное средство осудить невинного, имеющего слабое сложение, и оправдать беззаконного, на силы и крепость свою уповающего. Делать присягу чрез частое употребление весьма общею не что иное есть, как разрушать силу ее. Хотите ли предупредить преступление? Сделайте, чтоб законы меньше благодетельствовали разным между гражданами чинам, нежели всякому особо гражданину. Сделайте, чтоб люди боялись законов и ничего бы, кроме их, не боялись. Хотите ли предупредить преступления? Сделайте, чтоб просвещение распространилось между людьми. Наконец, самое надежное, но и самое труднейшее средство сделать людей лучшими есть приведение в совершенство воспитания. В толь великом государстве (российском), распространяющем свое владение над толь многими разными народами, весьма вредный для спокойства и безопасности граждан был бы порок – запрещение им различных вер. Нет подлинно иного средства, кроме разумного иных законов дозволения, православною нашею верою и политикою не отвергаемого, которым бы можно всех заблудших овец паки привести к истинному верных стаду. Гонение умы раздражает, а дозволение верить по своему закону умягчает самые жестоковыйные сердца и отводит их от заматерелого упорства, утушая споры их, противные тишине государства и соединению граждан».