Немедленно после установления 63 маяков (каменных насыпей) и обмена разграничительными актами была организована охрана границы. Эта задача была возложена на 25 караулов, разбросанных вдоль границы на две тысячи верст. Промежутки между караулами стояли от 100 до 200 верст. При каждом карауле состояло 5–10 юрт (семейств) тунгусов или бурят, которым было поручено наблюдение за пограничными маяками (имеются в виду «сухопутные» сигнальные устройства. — Примеч. ред.), за переходом через границу людей и скота.
Начальникам караулов предписывалось: «Со стороны России не допускать ни до какого самомалейшего повода к нарушению установленного порядка, перелазов, потаенных провозов товаров, промены скота и тому подобнава всякой мены…» и «ежели случится такой перелазе нашей или китайской стороны, точнейше рассматривать».
Центром обороны Забайкальской границы на юге стал Селенгинск, где размещался Тобольский гарнизонный полк и рота драгун.
Более глубоким резервом являлись нерчинские и селенгинские казаки. 29 марта 1728 года 11 родам Хоринских бурят Селенгинского и Нерчинского дистриктов (районов. — Примеч. ред.) «за их верность, прилежность к службе и чтобы и впредь служили со всякою ревностью» были пожалованы знамена, по одному на каждый род.
Окончательный порядок службы на границе был определен указом от 14 декабря 1731 года Иркутской канцелярией.
В связи с тем, что огромной протяженности граница не может надежно охраняться малыми силами, в период с 1752 по 1754 год Российское правительство принимает меры по переселению казаков из городов на пограничную линию. С этих пор начинается непрерывная, тяжелая служба казаков на китайской границе.
С 1752 года казаков стали обучать военному строю по военным уставам.
В 1755 году был сформирован из казачьих детей Якутский полк, имевший трехбатальонный состав и драгунскую роту. Это был первый строевой полк, комплектуемый из забайкальских казаков и который находился в полном составе на границе.
В 1760 году был сформирован пятисотенный тунгусский конный полк под командованием князя Гантимура, который вместе с 162 нерчинскими конными казаками и 22 солдатами Якутского полка стал основой пограничного забайкальского казачества.
В 1764 году 22 июля Сенатским указом были сформированы 4 бурятских полка общим числом 2400 человек для охраны Селенгинской границы. Созданы они были на родовой основе и носили название своего рода: Ашебагатов, Цонголов, Атаганов и Сортолов. Впоследствии их стали именовать — 1-,2-,3-и 4-й Бурятские полки. Практически вся граница с Монголией охранялась казаками из бурят и тунгусов.