Его приговорили к высылке в Туруханск, за Полярный круг. Но, по состоянию здоровья, разрешили остаться в Енисейске. Летом 1897 года к нему приехала Доминика Труховская, внесшая в его одинокую жизнь много тепла и счастья. Однако последующие годы жизни в ссылке взяли у него много сил и причинили тяжелые страдания.
Осенью 1897 года, была брошена на два месяца в тюрьму Доминика Труховская. Через год Анатолий заболел тифом, прошедшим с серьезными осложнениями. Состояние его ухудшилось. В то же время — за помощь одному из ссыльных во время побега — он был приговорен к удлинению срока ссылки на два года и переводу в более северные, гибельные для него места. Только после длительных хлопот Ванееву удалось добиться перевода на юг края, в Минусинский округ. В начале июня 1899 года он приехал в Ермаковское.
Но перебрался сюда он слишком поздно — даже благодатный минусинский климат ему уже не помог. Из дому он выходил очень редко, больше лежал. В один из дней мне сообщили, что ему стало хуже. Я пошла к нему.
Ванеев лежал у раскрытого окна и трудно, прерывисто дышал. Возле его кровати стояла Доминика и убеждала его:
— Нужно закрыть окно, я прошу тебя… Ты простудишься еще больше.
Но он с решительным видом покачал головой.
— Не надо, Доминика… Я хочу дышать свежим воздухом. Ну как ты до сих пор не можешь понять, что теперь мне не страшна уже никакая простуда…
Наш ермаковский доктор Арканов, лечивший Анатолия Ванеева, был настроен в отношении своего больного оптимистически и поддерживал в Доминике надежду на лучший исход болезни. Вряд ли она этому верила; а что касается Ванеева, то в нем, вероятно, боролись два чувства: с одной стороны — трезвая оценка своего состояния, понимание близкого конца, с другой стороны — рождавшаяся моментами горячая надежда на выздоровление, вера в будущее.
Ну, а я видела, что дни его сочтены, и лишь старалась сделать все от меня зависящее, чтобы помочь ему. Чем ближе к концу, тем более требовательным и раздражительным становился больной. Доминика, не отходившая от него, измучилась, извелась. Ее состояние было трудным еще и потому, что она ожидала ребенка. Доктор Арканов убедил Ванеева лечь в сельскую больницу. Уход за ним там был более регулярным. Анатолий согласился. Палата, в которую его поместили, оказалась чистой и светлой; больной был доволен.
Всегда при нем находились или жена, или кто-либо из товарищей, чаще других я. Владимир Ильич постоянно справлялся о Ванееве и в августе писал о нем своим родным: «Совсем плох, кровь идет горлом страшно сильно, отхаркиваются даже куски легкого… Анатолию дано разрешение ехать в Красноярск, но он и сам теперь не собирается»