Собственно говоря, ни Погодин, ни я не были абсолютно правы, но на моей стороне было, по крайней мере, то преимущество, что я понимал чтение летописей в более прямом смысле, и притом таком, какой, по предмету нашего спора, существовал издавна и какой, вероятно, имелся у самих летописцев. Впоследствии, вдумавшись в состав наших летописей, как и в дух сообщаемых ими известий, я пришел к такому результату, что самая история призвания князей есть не что иное, как басня, основанная на издавна внедрившихся взглядах, почерпнутых из мифического сказочного мира. Моя теория о происхождении Руси из литовского мира если и не имела за собой неоспоримой исторической истины, по крайней мере доказывала норманнистам, что происхождение князей наших и их дружин еще с большею вероятностию, чем из Скандинавии, можно выводить из других земель, и таким образом подрывала авторитет мнений, до того времени признававшихся неоспоримыми и занесенных в учебники как несомненная истина». Иными словами, это была не антинорманнская теория, а контрнорманнская теория, в стороне остались как норманнисты, так и славянофилы. Естественно, негодование возникло у тех и у других!
Но гораздо более Костомаров занимался делами Археографической комиссии, публикуя древние акты, относящиеся к Южной и Западной России. Как действительный член Русского географического общества, он также взялся за издание «Памятников старинной русской литературы», «помещая там по своему усмотрению рукописные статьи, отыскиваемые в письменных хранилищах». Работа заставила его обратиться к поискам древних документов в Духовной академии: эти рукописи были привезены туда из новгородского Софийского собора и из библиотеки Кирилло-Белозерского монастыря. Одновременно он занимался разработкой лекций по истории Новгорода и Пскова. Эти лекции требовали разбора многочисленных документов, написанных не только на русском или польском языках, но на старом нижненемецком наречии. И Костомарову пришлось изучить это наречие, выбирая свободные от других занятий дни. Работа была каторжная. В Духовной академии историк просиживал от девяти утра до пяти часов вечера.
«Так продолжалось осенью и зимою 1860—61 годов, — говорит он, — я имел возможность сделать там множество выписок из рукописей на отдельных листочках, надписывая на них, к какой стороне жизни относится выписка». Эти выписки очень пригодились Костомарову: одни он использовал для дополнений к «Очерку быта и нравов великорусского народа», а другие были оставлены для дальнейших публикаций; в то же время он занимался делами Археографической комиссии и начал публикацию актов эпохи Хмельницкого из Малороссийского приказа, а более поздние использовал для написания статьи о Выговском. Занимаясь малороссийскими бумагами, Костомаров опубликовал небольшую статью «О казачестве». Он пишет, что в этой статье «я старался установить надлежащий взгляд на это историческое явление и опровергнуть возникавшее в тогдашней литературе мнение о том, что казаки сами по себе были обществом антигосударственным, что душою этого общества была анархия, и потому на попытки как Польши, так впоследствии и России к обузданию казацкой воли надобно смотреть как на защиту государственного элемента против вторжения диких, разрушительных побуждений. Такая точка зрения, давно уже поддерживаемая поляками, начинала переходить и в русскую ученую литературу, и я принимал на себя призвание доказать ее несостоятельность и уяснить, что казачество при всех временных уклонениях было последствием идей чисто демократических. Статья моя возбудила против меня возражения в польских повременных изданиях, и тогда особенно выступило против меня лицо, укрывавшееся под псевдонимом Зенона Фиша. Его возражения вызвали с моей стороны новую статью в защиту своего мнения».