«Статья эта принята была публикой с восторгом, — вспоминал он, — и напечатана вслед за тем в „Основе". Бедный Шевченко несколькими днями не дождался великого торжества всей Руси, о котором только могла мечтать его долгострадавшая за народ муза: менее чем через неделю после его погребения во всех церквах Русской империи прозвучал высочайший манифест об освобождении крестьян от крепостной зависимости…Вспоминая эти минуты, могу сказать, что тогда была видима и ощущаема безмерная радость между людьми всякого звания и образования: чувствовалось, что Россия свергала с себя постыдное бремя, висевшее на ней в продолжение веков, и вступала в новую жизнь свободной христианской нации. Казалось, после отдаленной от нас эпохи крещения при Владимире еще не переживал русский народ такой важной минуты. После того оставалось желать одного — просвещения освобожденного народа, и действительно, это желание слышалось в устах всех образованных людей той эпохи».
Итак, вот основа дальнейшего непонимания между революционерами и Костомаровым: он считал реформу 1861 года поворотным пунктом в русской истории и ожидал просвещения народа, молодое поколение ожидало иного — окончательного освобождения из всеобщего рабства, точнее — отмены самодержавия. Историк, который замечательно понимал нюансы законов в относительно дальние времена, не сумел увидеть, что московское самодержавие за века ничуть не изменилось, просто сменило личину. Отмену крепости он воспринял как нравственную победу, а люди другого поколения — как временную уступку власти, чтобы «заткнуть рты» недовольным.
Со счастливыми иллюзиями, прочитав лекцию «О значении Новгорода в русской истории» в новгородском Дворянском собрании, он отправился за границу — отдохнуть и подлечиться.
Когда он вернулся в Петербург и пришел в университет для начала курса, то застал студентов в сильном волнении: в аудитории было немного слушателей, да и те стали расходиться. «Я узнал, — вспоминал он, — что в это самое время в университетском парадном зале происходила бурная сходка; студенты выломали дверь и шумно требовали отмены установленных для них стеснений, объясняясь с новым ректором И. И. Срезневским, заступившим на место выбывшего и уехавшего за границу Плетнева. На другой день произошло знаменитое, наделавшее в свое время шуму путешествие нескольких сот студентов в Колокольную улицу, в квартиру нового попечителя университета Филипсона, которого студенты потянули за собой через весь Невский проспект до университета. На следующий день новый министр народного просвещения граф Путятин сделал распоряжение о временном закрытии университета. Более двадцати студентов, сочтенных зачинщиками, были арестованы и посажены в крепость. С этих пор в Петербурге чуть не каждый день повторялось волнение молодежи, выражавшееся сходками на улицах, которые разгонялись солдатами…