12 октября громадная толпа студентов, человек более трехсот, у здания университета была окружена войском и отправлена в казематы, причем двум студентам нанесены были удары в голову. В Петропавловской крепости недостало места, и половина арестованных была отправлена в Кронштадт. Я не принимал ни малейшего участия в тогдашних университетских вопросах, и хотя студенты часто приходили ко мне, чтобы потолковать со мною, что им делать, но я отвечал им, что не знаю их дел, что знаю только науку, которой всецело посвятил себя, и все, что не относится непосредственно к моей науке, меня не интересует. Студенты были очень недовольны мною за такую постановку себя к их студенческому делу, но мне не удалось тогда уйти от клевет, ничем не заслуженных.
…Закрытый университет был вновь открыт для тех, которые покорились воле правительства и взяли матрикулы, повинуясь предписанным в них правилам, которые не принявшими матрикул считались стеснительными…Количество покорных властям не составляло и трети студенческого сословия, да и взявшие матрикулы не посещали аудитории, так что хотя университет объявлен был открытым, но читать в нем было не для кого… Между тем грозные слухи приходили о студентских смутах, совершающихся в других университетских городах…Впоследствии явилось мнение, что и в Петербурге волнению молодежи содействовали поляки, готовившие у себя восстание и желавшие произвести всеми силами беспорядок в русском обществе. Насколько я мог следить и заметить, это мнение едва ли основательно…Каков бы ни был москаль, либерален ли он или консервативен, — для них было все равно: достаточно того, что он москаль и не католик, — он уже им чужой…Студенческое дело производилось до конца 1861 года…За несколько дней до праздника Рождества Христова университет вторично был закрыт и уже на долгое время… Так как университет был закрыт, и неизвестно было, когда он откроется, то, желая сохранить за мною профессорское содержание, министр Головнин оставил меня при должности члена-редактора в Археографической комиссии с сохранением профессорского жалованья на три года».
Из добрых побуждений Костомаров вместе с другими преподавателями решил помочь выпущенным из крепости студентам, организовав публичные лекции, аналог университетского курса. Костомаров читал там русскую историю с XV века, то есть с того момента, на котором остановился в связи с закрытием университета. «Вообще я разделял русскую историю по времени на два отдела, — пояснял он, — первый заключал историю Руси удельно-вечевого уклада; второй — обнимал Русь единодержавную. Первый отдел был уже мною прочитан в университете, теперь я предложил читать второй отдел.