«Я заявил ему, — говорил Костомаров, — что если правительственные лица, облеченные правом, приостановят чтение лекций во избежание беспорядков, то я подчиняюсь этому; притворяться же больным, когда я не болен, не стану, потому что это значило бы, заявивши публике о будущем моем чтении, вдруг испугаться молодежи и волею-неволею примкнуть к их партии и участвовать в программе их действий. Через день после этого я получил от министра извещение о том, что чтение публичных лекций приостанавливается». В запрещении лекций Костомаров менее всего видел «руку» Чернышевского, который вряд ли сумел бы дойти до Кабинета министров и иметь там серьезный разговор. Но, тем не менее, про переговоры с Чернышевским узнали, студенты стали распространять про ученого слухи и домыслы, он так от всего этого клеветничества устал, что отправился к министру и отказался от должности профессора Петербургского университета. «Эта думская история оставила на меня глубокое впечатление, — говорил он с горечью, — которое переменило многое в моих убеждениях. Я увидел, что большинство русской того времени молодежи, в научные силы которой я простодушно верил, легко могло быть увлекаемо трескучими фразами, шумихой, но оно мало ценило посвящение себя науке…Нигилизм сильно стал охватывать умы молодежи, и каждый день увеличивались сотнями полки его последователей.
…Вместе с тем в молодежи развивалась мысль, что для благой цели общественного преобразования не нужно стесняться ни в каких средствах; все меры признавались хорошими, если только в виду имелась желанная цель. Это была самая черная и возмутительная сторона современного нигилизма. Пусть бы у нигилистов были какие угодно идеалы об устройстве общества, но, если бы путь к достижению этих идеалов согласовался со враждебными душе человека принципами нравственности, нигилисты не представляли бы слишком опасных элементов, так как ничто не может поставить отпора беспощадной силе логики и убеждений. Что бы ни взяло верх в человеческом обществе, со всем пришлось бы мириться, лишь бы только это совершилось тою неотразимою силою признанной истины, которая всегда двигала и вечно будет двигать историею рода человеческого; но как скоро допустится столь известное у иезуитов правило — для доброй цели позволять дурные средства, то самая добрая цель превращается во вредную, а злые меры, от которых общество не в силах будет уберечься, принесут свои злые плоды, и последние непременно окажут вредоносное влияние, хотя бы и временное…Венцом всего был страшный эгоизм, выразившийся впоследствии тем, что значительная часть таких юных преобразователей общества, возмужавши, переродилась в биржевых игроков и эксплуататоров чужой собственности всеми возможными средствами; те же, которые остались энергически преданными своим нигилистическим теориям, оправдывающим всякое средство для цели, нравственно произвели поколение безумных фанатиков, отваживающихся проводить свои убеждения кинжалами и пистолетами». Костомаров не дожил ни до первой русской революции, ни тем более до второй и Октябрьского переворота, но поколение безумных фанатиков он угадал за годы до его настоящего появления. На его век достался один только Каракозов, совершивший покушение на цареубийство.