Отстранившись от студенческих дел, Костомаров занялся научными изысканиями. В 1862 году он напечатал в «Основе» коротенькую статью о малорусском писательстве. Она, «более, чем какая другая, была оценена публикою и откликнулась полным сочувствием. Я доказывал в этой статье, что мысль о выработке литературного малорусского языка тем путем, какой велся до сих пор, едва ли осуществима, и если может быть справедливым и полезным писать и печатать по-малорусски, то единственно книги, имеющие целью народное образование и заключающие в себе элементарные сведения в науках, которые бы расширяли кругозор народной умственной жизни. Мысль моя до того понравилась публике, что я начал получать отовсюду горячую благодарность и предложение взять на себя издание таких популярных книжек, которые бы содействовали указанной мною цели… Между тем впоследствии, когда по этому поводу поднялась против меня буря обвинений в „сепаратизме“, то печатно заявлялось мнение, что намерение издавать популярные малорусские книги научного содержания есть плод польской интриги».
История эта кончилась ничем. Летом 1863 года в «Московских ведомостях» поднялась буря «против малорусского литературного движения, коснувшаяся меня тем более, что в этой газете имя мое было выставлено на позор, как одного из преступных составителей замыслов, по мнению противников, грозивших опасностью государственному порядку. Пошли в ход слова: сепаратизм и украинофильство. Инсинуации давались преимущественно из Киева…На обвинения „Московских ведомостей“ я написал большое опровержение, но цензура его не пропустила. Тогда я обратился лично к министру внутренних дел Валуеву, который назначил мне свидание на своей даче на Аптекарском острове и сообщил мне, что, хотя мысль о написании популярных сочинений по-малорусски с целью распространения в народе полезных знаний не только не преступна, но и похвальна, однако в настоящее время правительство по своим соображениям считает нужным приостановить ее, чтобы не подать повода злонамеренным людям воспользоваться для иных целей и под видом дозволенного распространения в народе популярно-научных книг не дать им возможности распространять законопреступных подущений к мятежам и беспорядкам. Вслед за тем я узнал, что состоялось запрещение печатания по-малорусски книг, имеющих учебное значение. Я успел выпустить только первый выпуск „Священной истории“ Опатовича, у которого остались готовые два другие, и арифметику Конисского. Печатались еще два жития святых и остались также невыпущенными. Министр народного просвещения Головнин относился совершенно беспристрастно к вопросу о малорусской литературе… По его предложению я напечатал в „Журнале Министерства народного просвещенияu статью об особенностях малорусского наречия, дающих ему право самобытности в ряду славянских языков и не дозволяющих признать его ни видоизменением великорусского, ни польского».