16 июля 1941 года немецко–румынские войска оккупировали Кишинёв. Часть еврейского населения смогла эвакуироваться. 17 июля подразделение эйнзацгруппен «Д» и часть румынской жандармерии уничтожили около 14 тысяч мужчин евреев. 1 августа были отобраны якобы для отправки на работы 450 молодых людей и девушек; 411 из них были расстреляны через несколько дней; вновь под предлогом отправки на работу было собрано 500 человек, 300 из них расстреляно.
25 июля румынский комендант Кишинёва отдал приказ о создании гетто. Евреям были даны два дня на переселение. Согласно румынским документам, 11 августа в гетто было заключено 10 578 человек. К середине сентября 1941 года численность узников гетто увеличилась. В гетто были направлены евреи из окружающих местечек. В гетто тогда находилось 11 525 человек. С 5 августа евреи Кишинёва были обязаны носить отличительный знак — шестиконечную звезду.
В конце июля румынские оккупационные власти создали еврейский комитет, в составе 22 «интеллектуальных евреев». Комитет возглавил доктор Г. Ландау, его заместителем стал адвокат А. Шапиро. Комитет организовал суповые кухни, которые отпускали около 200 обедов в день. 11 сентября был открыт детский дом для 28 сирот. В октябре 1941 года после ликвидации части узников румынские власти стали осуществлять депортацию евреев в Транснистрию. Еврейская община Румынии и еврейский комитет предпринимали отчаянные попытки добиться отмены депортации. Доктор Г. Ландау отказался представить списки евреев, предназначенных к депортации, и вместе с женой покончил жизнь самоубийством. Его заместитель А. Шапиро незадолго до ликвидации гетто тайно в форме румынского офицера прибыл в Бухарест и пытался при помощи еврейской общины Румынии отменить приказ о депортации. Были направлены обращения к королеве–матери и к высшему духовенству Румынии. Но министр внутренних дел М. Антонеску согласился оставить в Кишинёве только 100 крестившихся евреев.
Депортация проходила в очень тяжелых условиях. Людей гнали в основном пешком. Только последние партии депортируемых отправляли на подводах. Большинство погибли по дороге. Так, из 2500 кишинёвских евреев в концентрационный лагерь Доманевка в Одесской области прибыло только 160 человек; остальные погибли по дороге от голода, холода, болезней или были уничтожены румынскими жандармами.
В гетто Кишинёва действовало еврейское сопротивление. Был создан городской подпольный центр, в который вошли в основном евреи. Б. Дейч, один из руководителей подполья, создал боевую группу в гетто.