Многие евреи Кишинёва вернулись в город из эвакуации и Транснистрии. В 1959 году еврейское население Кишинёва составляло 42 900 человек, в 1970 году — 49 900, в 1979 — 42 400.
Среди евреев, подписавших в 1956 году опубликованный в газете «Известия» официальный протест против Синайской кампании, значится и имя раввина Кишинёва. В начале 1960‑х годов власти препятствовали совершению ритуальных обрядов, в том числе обрезанию. Однако в 1965 году была разрешена выпечка мацы. В 1958 году старое еврейское кладбище Кишинёва было разделено на две части, одну из которых власти отвели под рыночную площадь. Окончательно еврейское кладбище было закрыто в 1960‑х годах, надгробные плиты повреждены или уничтожены. В 1962 году по обвинению в «экономических преступлениях» был арестован 31 еврей Кишинёва. В 1967 году несколько студентов–евреев были исключены из местного университета за отказ публично осудить «израильскую агрессию».
Основанная в 1966 г. самодеятельная Еврейская музыкально–драматическая студия Кишинёва (около 100 человек) поставила спектакль «Гершеле Острополер».
С конца 1960‑х годов евреи Кишинёва участвовали в борьбе евреев Советского Союза за право выезда в Израиль. Некоторые еврейские активисты были арестованы и приговорены к разным срокам лишения свободы на кишинёвском процессе, проходившем 21–30 июня 1971 года и явившемся продолжением ленинградских процессов в Советском Союзе. В конце 1976 года еврейские активисты Кишинёва провели семинар по вопросам еврейской культуры. В 1989–2004 годы многие евреи Кишинёва выехали в Израиль, США, Германию и другие страны мира. По данным Министерства абсорбции Израиля, в 1989–2003 годы из Кишинёва в Израиль выехали 24 990 человек.
С конца 1980‑х годов в Кишинёве начался процесс восстановления общественных, религиозных, культурных организаций. Функционируют представительства Джойнта, Еврейского агентства, Израильский информационно–культурный центр. В Кишинёве находится центр Ассоциации еврейских организаций и общин (председатель С. Шойхет), синагога (раввин З. Абельский). Функционируют Еврейский народный университет, две школы, в том числе Технологический колледж ОРТа имени Т. Герцля. Выходит большое количество изданий еврейской периодической печати: «Израильский калейдоскоп» (издание Израильского информационно–культурного центра), «Гешер» — бюллетень еврейских общин Молдовы, «Еврейское местечко» — издание благотворительного фонда «Дор ле–дор», «Наш голос» (издание Ассоциации еврейских организаций и общин), «Истоки жизни», «Маген».