Во второй половине 1944 года все украинские земли были заняты Советской Армией. Против отрядов УПА стали действовать спецотделы МВД — МГБ, действовавшие методом больших и малых облав. Боевые действия, стычки велись постоянно. Общие потери УПА были большими, но уничтожить ее до конца войны не удалось. УПА начала партизанскую войну с Советской властью. Курени УПА делятся на небольшие отряды. В 1947 году прошло около тысячи военно-политических акций УПА, в 1948 году — около полутора тысяч. В том же году МГБ было уничтожено 94 базы УПА.
5 марта 1950 года в окружении спец войсками МГБ погиб со всей личной охраной Главный Командир Украинской Повстанческой Армии, Председатель Генерального Секретариата УГОР, Голова Провода ОУН Роман Шухевич, в течение семи лет руководивший вооруженной борьбой УПА. Головным Командиром УПА до 1954 года стал Василий Кук — Юрко Лэмиш, ближайший соратник Степана Бандеры. В мае 1954 года Василий Кук был арестован КГБ. Украинская Повстанческая Армия, как военная сила, практически перестала существовать.
Украинская Повстанческая Армия организованно создавалась из боевых отрядов революционной ОУН под руководством С. А. Бандеры. Структура УПА была похожа на структуру ОУН, часто руководящие посты в УПА занимали известные лидеры ОУН.
В основу организации УПА лег принцип территориальности, связанный с тем, что основной задачей УПА была защита украинского населения.
Украинская Повстанческая Армия делилась на 4 группы: «УПА — Север» (Волынь, Полесье); «УПА — Запад» (Галиция, Буковина, Закарпатье); «УПА — Юг» (Каменец-Подольский, Житомирщина, Винничина); «УПА — Север» (часть Житомирщины, Киевщины и Черниговщина).
Каждая группа делилась на Военные Округа — ВО, а ВО — на Тактические отделения — ТО.
Войсковой единицей УПА был курень, состоящий из трех или четырех боевых сотен и вспомогательных частей. Сотня состояла из трех стрелковых взводов и одной пулеметной, а взвод — из трех роев и отделений. Обычно стрелковая сотня состояла из 130–200 бойцов. Иногда курени объединялись в оперативные группы. Существовал еще термин «отряд». В последние годы численность бойцов в подразделениях уменьшалась.
Командиры назывались — роевой, четовой, сотенный, куренной, командир отряда. Каждый член УПА имел псевдоним.
Содержание УПА осуществляла сеть ОУН С. Бандеры на украинских землях. Провод ОУН делился на Краевые Провода, они на округа, районы, станища и кусты. ОУН фактически была административным аппаратом УПА.
Службой безопасности УПА была Служба Безопасности ОУН. Посты в УПА и ОУН часто совмещались.