На МиГ-23БН датчик углов атаки ДУА-3М, смонтированный по левому борту, доставлял неудобство в эксплуатации, мешая доступу к оборудованию, а при снятии крышки отсека его флажок легко было повредить. На МиГ-27 он был перенесён под козырёк фонаря (сдвинут назад от своего первоначального положения), а затем продублирован парным датчиком по правому борту, чтобы система для уменьшения погрешности использовала осреднённое значение параметра.
От серии к серии блоки ПрНК постоянно совершенствовались, что позволяло постепенно расширять возможности комплекса. К примеру, самолёты, оборудованные блоками прицельно-навигационного комплекса 4-го этапа, помимо прочего, дополнительно обеспечивали вылет как со своего, так и с любого из запрограммированных аэродромов без повторного ввода координат.
Массовое поступление МиГ-27 в ВВС потребовало более серьёзно заняться изучением его штопорных характеристик и связанных с этим особенностей работы двигателя. Эти проблемы уже доставили немало хлопот при освоении истребителя МиГ-23. Стоило ему перейти в скольжение, чтобы начался срыв потока в затеняемом фюзеляжем воздухозаборнике, за которым следовал его помпаж, тут же перекидывавшийся на двигатель. Помпаж носил лавинообразный характер и развивался настолько стремительно, что температура газов скачком за секунду возрастала на 150° — 200°, грозя прогаром турбины. Чтобы не сжечь двигатель, его требовалось мгновенно выключить. Однако строевые лётчики не успевали справляться с ситуацией (случай сам по себе являлся нештатным). В ответ конструкторы, помимо автоматики отсечки топлива АОТ, оснастили двигатель противопомпажной системой СПП, для защиты от перегрева ограничивавшей подачу топлива в критической ситуации. Но на небольшой высоте выключение двигателя было рискованным — могло не хватить времени для повторного запуска.
С учётом опасности штопора эксплуатационные ограничения назначили с изрядным запасом: если при прямом крыле сваливание грозило при выходе на углы 26° — 28°, то предельно допустимый угол составлял в полтора раза меньше — 16° (по совпадению, равняясь стреловидности крыла); при сложенном крыле и стреловидности 45° и 72°, когда возрастал запас продольной устойчивости по перегрузке, предельно допустимый угол атаки назначался 22° (сваливание наступало при 28° — 32°). При грамотном пилотировании без выхода на ограничения, как гласило заключение испытателей, самолёт «обладает удовлетворительными характеристиками устойчивости и управляемости во всём эксплуатационном диапазоне высот и скоростей полёта».