Для предупреждения лётчика о близости опасных режимов был введён целый ряд конструктивных мер. В кабине на самом видном месте находился указатель угла атаки УУА-1А с крупной хорошо читаемой шкалой. Ещё один сигнализатор предельно допустимых углов СУА-1 сообщал об опасности более броско — вспыхивающей лампой. Тряску на ручке, сопутствующую близости сваливания и привычную по другим машинам, имитировало устройство тактильной рычажно-импульсной сигнализации (РИС), предупреждающее о достижении самолётом предельного угла атаки лёгкими ударами рычага-сигнализатора по руке лётчика.
Система автоматического управления САУ-23Б-1 3-й серии получила перекрёстные связи в каналах тангажа и крена. Вкупе с новым автоматом загрузки АРЗ-1А 5-й серии она позволила улучшить поведение самолёта на больших углах атаки, демпфирование и характеристики сваливания, расширив диапазон режимов пилотирования. Поначалу, из соображений экономии, самолёт собирались оборудовать только одной из этих систем, но сами по себе они не решали проблемы, и потребовалось внедрить одновременно и ограничительный механизм, и повышавшую устойчивость САУ.
Параллельно с МиГ-23БМ микояновцами велась разработка еще двух модификаций, отличавшихся более совершенным прицельным оборудованием — изделиями «32–26» и «32–29». Приоритет отдавался первому из них, именовавшемуся также МиГ-23БК по названию готовившейся для него прицельной системы «Кайра». Основанная на новых принципах и технологиях система обещала значительное расширение возможностей самолёта.
Главным конструктором по теме МиГ-23БК оставался Г. А. Седов. Модификация была направлена на повышение боевой эффективности, использование новых видов авиационного вооружения и улучшение точностных характеристик средств поражения. Качества имевшегося управляемого оружия, ограничивавшегося во фронтовой авиации ракетой Х-23, уже не удовлетворяли военных. Дальность пуска её из-за необходимости визуального наведения на цель была небольшой, из-за чего применять её рекомендовалось лишь после подавления ПВО в районе цели. Система наведения была достаточно сложной и требовала от лётчика большого внимания, отвлекавшего его от управления самолётом. В эксплуатации выявилось, что навыки наведения ракеты вырабатываются с трудом, лётчик после пуска связан в маневре и должен удерживать ракету в поле зрения и створе радиолуча вплоть до попадания её в цель, причём на подлёте трассер перекрывал соразмерный объект атаки, и наведение становилось достаточно условным. Результативность атаки снижал также психологический фактор — натолкнувшись на огонь ПВО, лётчик был вынужден всё внимание уделять противозенитному маневрированию с энергичными отворотами и уклонением, грозившими срывом наведения, если ракета выходила из узкого луча «Дельты». Недостаточной была и помехозащищённость системы.