Но не обошлось и без недостатков. На МиГ-23Б и МиГ-23БН неудачным оказался монтаж бортовых аккумуляторов в нише передней стойки шасси. Снимать и ставить их приходилось часто, а добраться в отсек можно было только изнутри, где было не развернуться, к тому же сначала требовалось снять очень неудобную крышку. Начиная с МиГ-23БМ этот недостаток устранили устройством отсеков с люками в правом и левом борту перед воздухозаборниками, значительно упростившими установку аккумуляторов и подход к ним.
Неудобным был и подход к подфюзеляжному пилону, куда, согнувшись, приходилось подтаскивать ПТБ и на корточках заправлять его. Таким же образом приходилось снаряжать пушку, опуская её вместе с патронным ящиком под фюзеляж с помощью лебёдки.
>В таком виде этот МиГ-23Б встретил своё тридцатилетие. Аэродром Степь, декабрь 1992 г.
Двигатели АЛ-21Ф-3 и Р-29Б-300 отличались высоким расходом воздуха (до 105 кг/с), что предъявляло особые требования к состоянию лопаток компрессора. Их предписывалось регулярно осматривать, для чего в нишах основных стоек МиГ-23БН имелась пара специальных люков доступа к двигателю, как раз по размеру головы. На практике ими пользовались редко (для открытия люка нужно отвернуть дюжину тугих винтов), добираясь к входу в двигатель привычным путём — через воздухозаборник, что требовало известной ловкости (выбирались ногами вперёд, протискиваясь в тесном канале; зимой приходилось снимать верхнюю одежду). У МиГ-23Б такой способ осмотра вообще был основным, так как входное устройство более короткого двигателя АЛ-21Ф-3 находилось в стороне от люков.
Помимо 722-го апиб, МиГи-бомбардировщики получил 642-й гв. апиб в Вознесенске (аэродром Мартыновка, Одесский ВО). Этот полк был известен тем, что в 1961 г. первым в ВВС освоил новейшие тогда Су-7Б. На базе полка проводились его войсковые испытания, и после пятнадцатилетней службы машин этого типа полк имел наибольший опыт эксплуатации истребителей-бомбардировщиков конструкции Сухого. Предполагалась замена парка на Су-17, однако, в конце концов, полк перешёл на МиГ-23БН и МиГ-27.
Служба МиГ-23Б и МиГ-23БН в 722-м и 642-м гв. апиб продолжалась недолго. С 1975–1976 гг. на смену им стали поступать МиГ-27, а прежние машины полки передавали в части на востоке страны. В забайкальской 23-й ВА ими был оснащён 58-й апиб в Степи, который принял эстафету у 722-го апиб весной 1974 г., когда в него перегнали МиГ-23Б из Смуравьёво. Они поступили на вооружение 2-й эскадрильи, две других продолжали эксплуатировать МиГ-17. «Бэшки» интенсивно летали там до 1986 г., пока их не заменили новыми машинами модификаций М и Д.