В планере частыми были трещины по сварке бака-отсека № 2, разрушения прижимных пластиковых щитков крыла и деталей гребня, встречались трещины по сварке титанового хвостового кока фюзеляжа. Случались отказы агрегатов и течи по гидросистеме. Наибольшее число дефектов приносила топливная система, где частой была негерметичность крыльевых кессонов по крепежу панелей, фюзеляжных баков и стыков труб, о которой сигнализировали грязные потёки керосина. Частым был невыпуск тормозного парашюта из-за заедания кинематики створок, отказывал МРК-30М, но подлинным бичом стал массовый односторонний износ покрышек основных колёс — большой развал делал своё дело; колёса сначала касались бетонки наружной «щекой» и истирались сбоку уже после двух десятков посадок.
>За лётную смену самолёты выполняли по четыре-пять полётов.
>Техник следит за газовкой своего МиГ-27, Смуравьёво, 722-й апиб.
По двигателю Р-29Б-300 за первые два года эксплуатации МиГ-27 зафиксировали 157 неисправностей (всего 4,4 % замечаний по самолёту в целом), в полёте — 11. Наибольшее количество дефектов относилось к масляной системе, причём в половине случаев она оставалась работоспособной, а барахлил сигнализатор стружки в масле. Более серьёзным было разрушение лопаток перепуска воздуха из-за трещин, а едкое масло ВНИИНП-50-1-4Ф доставляло проблемы в эксплуатации. В то же время наиболее неприятные последствия повлёк «человеческий фактор»: 20 двигателей в полках пришлось заменить «по бестолковости» — из-за попадания в них всякого мусора и забытых в воздухозаборниках рукавиц, чехлов и фуражек. Как оправдывались виновные, «так и тянет в него что-то положить — удобно, и под рукой».
Показательными были данные по надёжности электрооборудования МиГ-27: отказ в полёте приходился на 282,5 ч налёта, неисправность на земле — на 45,2 ч работы, что втрое-вчетверо превышало показатели аналогичных систем МиГ-23М в начале его службы — там отказы приходились всего на 80 и 10,3 ч, соответственно. Однако наработка не дотягивала до заданных нормативов в 1200 и 60 ч, что было объяснимо на этапе опытной эксплуатации (со временем дефекты «вычерпывались» и положение значительно улучшилось).
В обслуживании МиГ-27 укладывался в общие нормативы. Предварительная подготовка истребителя-бомбардировщика, обеспечивавшая две лётные смены, выполнялась группой из 11 человек: техник и механик, закреплённые за самолётом, и девять специалистов из групп обслуживания по вооружению, оборудованию и РЭО. На одну машину затрачивали 2 ч 10 мин, всю эскадрилью, за счёт параллельной работы, удавалось подготовить за 6 ч. Предполётная подготовка зависела в основном от снаряжения боеприпасами: если при подвеске пары ракет Р-3С или Х-23 хватало и часа (вместе с запуском двигателя и выруливанием), то загрузка 18 стокилограммовых бомб требовала полтора часа, а шести «пятисоток» — без малого двух часов, из которых на саму подвеску тратили 45 минут.