Тайницкая башня
Теремной дворец
Стоит отметить, что впрямую о библиотеке во время этих поисков речь не шла. Не исключалось, что в сундуках, будто бы виденных Макарьевым, могут находиться золото, драгоценности или посуда, а не только книги.
В конце XIX века немецкий филолог Эдуард Тремер из Страсбурга с разрешения императора Александра III специальным зондом исследовал землю под сооружениями Московского Кремля, но ничего достойного внимания не нашел. Он только высказал надежду, что палаты с книгами располагались в подземной части ныне существующего Теремного дворца. Последний был построен в 1635–1636 годах на основе палат Ивана IV. Уезжая из России, Тремер сказал: «Наука отблагодарит Россию, если ей удастся отыскать свой потерянный клад». Он обнаружил останки дворца Василия III, но не нашел подземных ходов. Тремер первым высказал мысль, что книги хранятся под землей, поскольку следов Либереи не нашлось ни в одном российском архиве. Так что найти ее можно было либо под землей, либо замурованной в какую-то из кремлевских построек. Но стены ломать в Кремле археологам вряд ли разрешили бы, так что оставалось уповать на подземную археологию. Но для раскопок на территории Кремле тоже требовалось разрешение первых лиц государства.
Директор Исторического музея князь Щербатов (1853–1929)
Троицкая башня
Летом и осенью 1894 года тайник искал директор Исторического музея князь Щербатов. Он вскрыл пол в Благовещенском соборе, искал подземелья под Грановитой палатой, Тайницкой и Боровицкой башнями. Князю удалось найти только старые подвалы с хозяйственной утварью. Он раскопал двухъярусные подземелья под Троицкой башней, расчистил от глины и мусора тайный ход, соединяющий Угловую Арсенальную и Никольскую башни, а также подземный ход и такую же палату, случайно найденные у Никольской башни, но продолжению раскопок помешала смерть Александра III, разрешившего раскопки. Николай II, в отличие от своего отца, интереса к поискам Либереи не проявил, возможно, потому, что сильно сомневался в ее существовании.
Угловая Арсенальная башня
Никольская башня
Подземелья под Грановитой палатой
Благовещенский собор
Боровицкая башня
В начале XX века поисками Либереи занялся киевский археолог-энтузиаст Игнатий Яковлевич Стеллецкий. В 1907 году он поступил в Московский археологический институт, а в дальнейшем стал действительным членом Императорского русского военно-исторического общества и Императорского московского археологического общества. Игнатий Яковлевич много занимался изучением церковной старины Москвы.