Наконец, 18 июля 1716 года Брюс обрадовал Петра сообщением, что наблюдал пятна на Солнце: «Было мое желание вашему величеству донести, что я в солнце пятна усмотрел, однакож опасался в таких многодельных временах вашему величеству так малым делом докучать. Токмо ж, памятуя любопытство и особливое тщание вашего величества в вещах, не часто случающихся, дерзнул ныне донести, что оных много в солнце является и возможно оных гораздо внятно трубою зрительною футов в 12 видеть, егда ближайшее стекло к глазу умеренно покоптится, возможно ж оныя и в 4 фута длиною трубкою видите; однакож гораздо мелко. Я надеюся, что ваше величество, конечно, оныя может увидеть, ежели да изволите кому ни есть приказать по вся дни недели две смотреть дважды или трижды в день, понеже иногда в нем ничего не видеть, когда солнце, поворачиваяся на оси своей, от вида нашего оные пятна отворотит. А обращается оное на оси своей в 26 1/4 дней. И понеже сие, колико мне известно, уже с 30 лет не видно было, и я от роду своего впервые увидел, того ради не мог удержаться, не донеся о сем вашему величеству».
В Сухаревой башне Брюс порой просиживал ночи, особенно после того, как вышел в отставку. Народная молва же приписала ему сношения с дьяволом. Здесь он будто бы хранил «черную книгу» и творил волшебство. Некоторые вообще приписывали Брюсу строительство Сухаревой башни, чтобы иметь удобное помещение для контактов с нечистой силой, хотя в действительности башню возвели по приказу Петра в 1692–1695 годах, причем спроектировал ее архитектор Михаил Чоглоков. Брюс тогда еще был простым поручиком, и строительство башни ему, разумеется, никто поручить не мог.
Для Петра I, несмотря на ученость Якова Вилимовича, последний рассматривался в качестве военного специалиста. Что же касается астрономической обсерватории на Сухаревой башне, эта обсерватория создавалась Брюсом не для собственной работы, а для обучения специалистов, получавших в школе образование, связанное с деятельностью военно-морского флота. Навигацкая школа в большей мере готовила капитанов кораблей, штурманов (навигаторов), для которых познания в области астрономии были необходимы. Это было первое на Руси высшее светское учебное заведение – прародительница будущей Морской академии в Петербурге. Учеников в Навигацкую набирали отовсюду, лишь бы обеспечить требуемое число. Поэтому в новой школе рядом с сыновьями князей сидели за партами дети дворовых людей. Преподавателем арифметики и геометрии здесь был известный математик Леонтий Магницкий, автор знаменитой «Арифметики», которая на целых полвека стала основным учебником в русских школах.