— 14 октября 1962 г. американский разведывательный самолет У-2, совершая полет над Кубой, получил фотодоказательства того, что на острове размещены советские баллистические ракеты с ядерными боеголовками. Двое суток в Пентагоне изучали фотоснимки «молча», не докладывая президенту. Установили, что дальность действия ракет позволила бы им поражать наиболее густонаселенные районы восточного побережья Америки.
Стратегические ядерные силы США в то время имели 5000 боеголовок, Советы— 300. Макнамара считает, что при соотношении 17:1 Советы испытывали чувство страха и, вероятно, хотели нарастить мощь своих сил ответного удара за счет переброски ракет среднего радиуса действия с территории СССР на Кубу, увеличивая тем самым число средств, угрожающих США. В Пентагоне приняли предварительное решение: действовать жестко, добиваясь удаления советских ракет с Кубы всеми доступными средствами.
— 16 октября доложили президенту Кеннеди о советских ракетах на Кубе. Состоялись две встречи в Белом доме узкой группы лиц (16 человек) >15.
Выявились три позиции по решению проблемы. Большинство присутствующих (представители Пентагона и многие советники президента) предложили Дж. Кеннеди уничтожить ракеты с помощью воздушной атаки с одновременным наземным вторжением на Кубу с целью свержения режима Кастро. При этом потери американских войск, по оценке военных, могли составить 40—50 тысяч человек. Учитывались ответные военные действия СССР против НАТО в Западной Европе.
Меньшинство предлагало нанести воздушные удары с целью уничтожения советских ракет и на этом остановиться.
Некоторые советники президента, в том числе его брат Р. Кеннеди, считали прямую агрессию против Кубы, которая может привести к ядерной войне, огромным риском для США. Они предлагали морскую блокаду с целью помешать дополнительным поставкам советских ракет на Кубу. Срок блокады — до тех пор, пока не будут удалены ракеты с острова.
К мысли о блокаде склонялся и Дж. Кеннеди. Но перед объявлением своего решения президент в коротком разговоре тет-а-тет с Макнамарой сказал ему, что будет опрашивать каждого присутствующего, какую позицию тот поддерживает, и попросил Макнамару высказаться за «карантин». Что и было сделано. После опроса Кеннеди объявил «карантин»!
— 24 октября с 14.00 президентом Дж. Кеннеди официально был введен «карантин» Кубе. Пентагону были даны указания по исполнению директивы президента. Была установлена конечная линия «карантина», преодоление которой запрещалось советским судам вплоть до их потопления.
В бассейне Карибского моря продолжали сосредотачиваться крупные соединения американских ВМС (более 180 кораблей), морская пехота, ВВС, воздушнодесантные войска. В воздух были подняты сотни стратегических бомбардировщиков. Подводные лодки с ядерными ракетами «Поларис» заняли оперативные позиции. В полную . боевую готовность приведены 6-й и 7-й флот США (Средиземное море и Тихий океан), а также американские войска в Западной Европе. Советский Союз также привел в боевую готовность стратегические ракеты, ВВС и ВМФ.