Назначение Бартоломеу Диаша начальником секретной экспедиции по поиску пути в Индию состоялось в 1486 году. Почему избрали на столь ответственный пост именно Бартоломеу, в точности не ясно, но вполне можно предположить, что здесь сыграла свою роль добрая слава рода Диашей, большой опыт мореплавания и мореходные знания кандидата, а также личное знакомство управляющего королевскими складами с семьёй монарха. Подготовка к экспедиции проходила в строжайшей тайне и протекала мучительно долго, однако опыт и связи Бартоломеу обеспечили необходимую поддержку, и корабли были подготовлены к плаванию столь качественно, как никогда до этого. Но и задача перед Диашем стояла необычная! Ему предписывалось вести свою флотилию не в обычное прибрежное плавание с частыми попутными высадками на берег, а в дальнюю неизвестную дорогу. Помимо открытия пути в Индию Диаш имел и ещё одно, весьма секретное и одновременно важное поручение — установить дипломатические отношения с легендарным христианским властителем Востока пресвитером Иоанном. На поиски легендарного Иоанна, однако, высылались десятки экспедиций и посольств, не миновала сия чаша и Диаша.
Король Жуан II чрезвычайно торопился с отправкой экспедиции. Дело в том, что к этому времени учёные-богословы точно рассчитали и определили время судного дня, который неизбежно должен был состояться в 7000 году от сотворения мира, что соответствовало 1492 году от Р.Х. Король Жуан, как истинный христианин, желал предстать на высший суд, совершив все богоугодные дела, а времени оставалось чрезвычайно мало, и он испытывал по этому поводу большое нетерпение.
В состав отплывающей в неизвестность флотилии вошло два 50-тонных судна и грузовой транспорт с запасом воды и продовольствия. Командный состав на уходящие суда был подобран из лучших. Так, главным кормчим экспедиции был назначен Перу д'Аленкер — единственный из моряков того времени, имевший право носить в Португалии шёлковые одежды, а на шее — золотую цепь со свистком. Королевские хроники характеризуют его не иначе как «величайшего гвинейского кормчего». Аленкер был не только многоопытен, но и смел до такой степени, что не боялся публично противоречить самому королю.
Знойным августом 1487 года флотилия Диаша наконец вышла в море. Впереди резал воду форштевнем флагманский «Сан-Криштован», за ним — второе судно экспедиции «Сан-Панталион», и замыкал кильватерную колонну неповоротливый грузовой транспорт. Историк пишет: «На борту кораблей, плывших вниз по Тежу в открытое море, было по крайней мере шесть счастливцев. Это были два негра, насильно привезённые в Лиссабон Каном, и четыре негритянки, захваченные португальцами на Гвинейском берегу в одну из предшествующих экспедиций. Шесть невольников хорошо кормили, и одеты они были в европейское платье. Их предполагали высадить в разных местах по побережью, предварительно снабдив образцами золота, серебра, пряностей и других нужных африканских товаров и наказав им убеждать туземцев вести торговлю. Они должны были также повсюду рассказывать о могуществе и богатстве Португалии. Была надежда, что эти рассказы в конце концов дойдут до священника Иоанна, которого португальцы давно и тщетно разыскивали. С особым вниманием выбирали для этого путешествия негритянок: считали, что женщин, „с которыми мужчины не воюют“, не будут обижать и что они, если их высадить в чужих для них местах, скоро вновь выйдут к берегу, а на обратном пути корабли подберут их и доставят в Португалию».