В феврале испанцы осадили Куаутулу, где Морелос сосредоточил основные силы численностью около 5,5 тысячи человек. В течение двух с половиной месяцев повстанцы удерживали противника, а затем оставили город, потеряв 800 человек убитыми. Поражение Морелоса воодушевило роялистов, и к середине 1812 года власти смогли стабилизировать положение в стране. Но 18 марта 1812 года испанские кортесы приняли в городе Кадисе конституцию, вводившую равное представительство метрополии и колоний в кортесах и признававшую гражданские права всех жителей колоний без негритянских примесей. 5 октября вице-король опубликовал декрет о свободе печати, принятый кортесами в 1810 году. Издание конституции и других актов кортесов способствовало усилению революционных настроений в Новой Испании. Ввиду этого власти приняли ряд ограничительных мер. Они отменили свободу печати, запретили собрания людей на улицах. Также приостановилось проведение выборов в городской муниципалитет Мехико. Сторонники независимости, возмущенные нарушением Кадисской конституции, резко активизировались, во второй половине года произошел подъем освободительного движения. В конце октября 1812 года Морелос овладел Орисабой, 25 ноября – Оахакой. В апреле 1813 года повстанцы взяли Акапулько, под контролем вице-короля теперь находились лишь столица и главные провинциальные центры. 28 июня 1813 года Морелос издал в Акапулько декрет о созыве национального конгресса для создания правительства. Конгресс открылся в Чильпансинго 14 сентября того же года. На его заседании был оглашен документ «Чувства нации», предусматривавший отмену рабства и деления населения на расовые группы, установление единого налога, гарантии собственности и неприкосновенности жилища, запрещение пыток. Но в результате наступательных операций испанцев территория, контролируемая революционными силами, к осени 1813 года сохранилась только в Южной Мексике. 6 ноября 1813 года повстанцами был принят «Торжественный акт Декларации независимости Северной Америки». Добившись военных успехов на юге, Морелос двинулся на север в Вальядолид, но потерпел поражение. В начале 1814 года испанская армия разгромила мятежников в районе Пуруарана. В марте 1814 года к власти в Испании вернулся Фердинанд VII, действия по подавлению восстания были активизированы. В 1815 году Морелос также был пойман испанскими властями и казнен за государственную измену.
После десятилетия гражданских войн и гибели двух основателей освобождения, к началу 1820 года движение за независимость было близко к краху. Повстанцы столкнулись с жестокостью испанских военных и апатией многих креолов. Насилие нерегулярных армий Идальго и Морелоса заставило влиятельных креолов бояться расовой и классовой войны, обеспечив их поддержку консервативным испанским властям, в ожидании менее кровавых способов борьбы. В декабре 1820 года наступило время для последней правительственной кампании против повстанцев.