На следующий день из Преображенского к Петру прибыли потешные солдаты и стрельцы Сухарева полка, приехала и мать.
В Кремле узнали о бегстве Петра только 9 августа – весь день накануне Софья в сопровождении стрельцов была на богомолье. Новость вызвала тревогу, которую пытались скрыть наигранным спокойствием: «Вольно ему, взбесяся, бегать», – сказал Шакловитый.
Софья предприняла несколько неудачных попыток примирения. Сначала она для улаживания конфликта отправила к Троице патриарха Иоакима, но тот, симпатизируя Петру, остался при нем. «Послала я патриарха, – делилась со стрельцами результатами своей неудачной затеи Софья, – для того, чтобы с братом сойтись, а он, заехав к нему, да там и живет, а к Москве не едет». Затем она отправилась к монастырю сама, но в пути получила категорическое повеление брата вернуться в Кремль.
Военные силы, на которые рассчитывала опереться Софья, таяли с каждым днем. Вместе с Шакловитым она не могла удержать в повиновении солдатские и стрелецкие полки, не рисковавшие вступить в вооруженный конфликт с войсками, поддерживавшими Петра. По его вызову в Троице-Сергиеву лавру прибывали, во главе солдат и стрельцов, командиры полков. Там стрелецкие начальники сообщили царю о тайном совещании, созванном Шакловитым, о его попытке произвести дворцовый переворот. Последовало требование выдать Шакловитого.
Апелляция Софьи к оставшимся в Москве стрельцам, призыв встать на защиту своего начальника успеха не имели. Правительнице пришлось выдать фаворита, он был 7 сентября доставлен в монастырь, подвергнут допросу и пыткам и через пять дней казнен вместе с главными сообщниками.
Выдача Шакловитого означала полное поражение Софьи. Петр и его сторонники вполне овладели положением. Стрельцы вышли встречать ехавшего в Москву царя, в знак покорности легли вдоль дороги на плахи с воткнутыми топорами и громко просили о помиловании.
Еще продолжался розыск над Шакловитым, а Петр, находясь в Троице, отправил брату Ивану письмо с решением отстранить Софью от власти. «Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте тому зазорному лицу государством владеть мимо нас». Далее Петр испрашивал разрешения «не отсылаясь к тебе, государю, учинить по приказом правдивых судей, а не приличных переменить, чтоб тем государство наше успокоить и обрадовать вскоре».
Письмо подводило итоги придворной борьбы и свидетельствовало о торжестве группировки Нарышкиных: Софья объявлялась «зазорным лицом» и в конце сентября была заточена в Новодевичий монастырь. Другим следствием переворота надлежит считать фактическое отстранение от дел слабоумного брата Ивана. Хотя в письме Петр и выразил готовность почитать своего старшего брата «яко отца», но решение всех практических вопросов сторонники Петра взяли в свои руки. К царю Ивану «не отсылались» не только в данном случае, когда формировали новое правительство, но и в последующие годы. Он номинально исполнял царские обязанности вплоть до своей смерти в 1696 году: присутствовал на приемах посольств, участвовал в церковных церемониях, его имя упоминалось во всех официальных актах.