Поездка к морю в 1693 году носила разведывательный характер. У царя созрела мысль повторить поездку в Архангельск в следующем году, причем было решено более тщательно подготовиться к ней. Здесь был заложен корабль, наблюдение за его достройкой Петр поручил воеводе Федору Матвеевичу Апраксину.
В январе 1694 года умерла мать царя Наталья Кирилловна. Смерть ее выявила две черты характера царя, с которыми мы много раз будем встречаться в будущем: пренебрежение обычаями и стремление пережить горе в одиночестве. 25 января, когда положение царицы стало безнадежным, сын простился с нею и тотчас уехал в Преображенское, где, по свидетельству современников, в уединении скорбел по поводу потери. Отсутствовал он и на похоронах матери. Можно лишь догадываться, сколько пересудов вызвало такое поведение Петра у москвичей. Ранее этого Петр не участвовал и в траурной церемонии похорон своего второго сына Александра, умершего семи месяцев. Если в этом случае отсутствие Петра можно объяснить его неприязнью к жене и нежеланием находиться в обществе ее родственников и близких, то на похороны нежно любимой матери он, несомненно, не явился по иной причине – не желал показывать другим своей слабости. На третий день после похорон он прибыл на могилу и в одиночестве оплакивал ее смерть. Воеводе Апраксину о своем горе Петр сообщил кратко и выразительно: «Беду свою и последнюю печаль глухо объявляю, о которой подробно писать рука моя не может, купно же и сердце».
Выезд в Архангельск из Москвы состоялся не в июле, как в предыдущем году, а в апреле. В марте Петр пишет архангельскому воеводе письмо в том шутливом тоне, который свойствен переписке царя этих лет. Он дает распоряжения не от своего имени, а от имени князя Федора Юрьевича Ромодановского, на суше «генералиссимуса», а на море «адмирала».
В Архангельск было отправлено 2000 пудов пороху, 1000 самопалов. На верфи царя ожидал готовый к спуску корабль, начатый постройкой еще в первый приезд. На нем в июне 1694 года Петр совершил плавание, едва не стоившее ему жизни, – в пути его застигла буря.
В Москву царь вернулся в сентябре и сразу же начал готовиться к игре на суше. В окрестностях деревни Кожухово была сооружена крепость с земляным валом высотой в 3,5 метра, глубоким рвом и бойницами. Армиями командовали все те же Бутурлин и Ромодановский, причем Бутурлину во главе со стрельцами предстояло оборонять городок, а новым полкам, численность которых достигала 7,5 тысячи человек, поручалась его осада, а затем и штурм. Обе армии шли к исходным рубежам через Москву. Марш носил шутовской характер: впереди Ромодановского маршировала рота под командованием царского шута Якова Тургенева. Ей предстояло сражаться под знаменем, на котором была изображена коза. Впереди Преображенского полка шли бомбардиры, и среди них бомбардир Петр Алексеев, то есть царь. В шествии участвовали также и карлы. Вся эта процессия двигалась под шум барабанов, флейт и литавр.